三十七年（戊午，一五五八），河北徙新集淤而為陸二百五十餘里，視故道高三丈有奇，河分流弱，離為十一，河南、山東、徐、邳皆苦之。
　　四十四年（乙丑，一五六五）秋七月，河盡北徙，決沛之飛雲橋，橫截逆流，東行踰漕，入昭陽湖，泛濫而東，平地水丈餘，散漫徐促沙河至二洪，浩渺無際，而河變極矣。初，漕渠左視昭陽湖，其地沮洳，去河不數十里，識者危之。嘉靖初，盛應期督漕，議鑿渠湖左以避河患，朝廷從之。鳩工未半，為異議所阻，至是漕湮，以吏部侍郎朱衡出督濬鑿。衡與僉都御史潘季馴尋應期所開故道，以為運道之利，無逾於此，疏請鑿之，開新河，自南陽達留城百四十一里，濬舊河自留城達境五十三里，役丁夫九萬餘，八閱月而成，而水始南趨秦溝。
　　穆宗隆慶元年（丁卯，一五六七）春正月，開廣秦溝以通運道。先是，河決沛縣，議者請復故道，乃議新集、郭貫樓諸處上源。尚書朱衡言：「古之治河，惟欲避害，今之治河，兼欲資利，河流出境山之北，則閘河淤；出徐州之南，則二洪涸。惟出自境山至徐州小浮橋四十餘里間，乃兩利而無害。自黃河橫流，碣山、郭貫樓支河皆已淤塞，改從華山，分為南北二支，南出秦溝，正在境山以南五里許，此誠運河之利也。惟北出沛，西及飛雲橋，逆上魚臺，為患甚大。陛下不忍沛、魚之民橫罹昏垫，欲開故道，臣考之地形，參之輿論，其不可者有五：自新集至兩河口，背平原高阜，無尺寸故道可因，郭貫樓至龍溝一帶，頗有河形，又係新淤，無可駐足，其不可一也。河流由新集，則商、虞、夏邑受之，由郭貫樓，則蕭、碭受之，今改復故道，則魚、沛之禍復移蕭、碭，其不可二也。黃河西注華山，勢若建瓴，欲從中鑿渠，挽水南向，必當築壩，為力甚難，其不可三也。曠日持久，役夫三十萬，騷動三省，其不可四也。工費數百萬，司農告匱，其不可五也。臣以為上源之議可罷，惟廣開秦溝，使下流通行，修築長堤，以防奔潰。」上從之。乃鑿舊渠深廣之，引鮎魚諸泉、薛沙諸河，注其中，灞三河口，疏舊河，築馬家橋堤，道之出飛雲橋者使盡入秦溝。自留城至赤龍潭，又五十三里，凡為閘八，減水閘二十。為壩十有二，堤三萬五千二百八十丈，石堤三十里。已而鑿王家口導薛河入赤山湖，鑿黃甫導沙河入獨山湖，凡為支河八，旱則資以濟漕，潦則泄之昭暘湖，運道盡通，是名夏鎮河。工成，加衡太子少保，於是河專由秦溝入洪，而河南北諸支河悉並流秦溝。
　　三年（己巳，一五六九）秋七月，河水溢，自清河抵淮安城西，淤者三十餘里。決方、信二壩出海，平地水深丈餘，寶應湖堤崩壞，山東莒、郯諸處水溢，從沂河、直河入邳州，人民溺焉。
　　四年（庚午，一五七０）秋九月，河決邳州，自睢寧白浪淺至宿遷小河口，淤百八十里，溺死漕卒千人，失米二十餘萬石。總督河道侍郎翁大立言：「邇來黃河之患，不在河南、山東、豐、沛，而專在徐、邳，故欲先開泇河以遠河勢，開蕭縣河以殺河流者，正謂浮沙壅聚，河面增高，為異日慮耳！今秋水洊至，橫溢為災，臣以為權宜之計在棄故道而就新衝，經久之策在開泇河以避洪水。」疏下部。
　　五年（辛未，一五七一）河決雙溝。先是，河漲徐州上下，茶城至呂梁兩厓東山，不得下，又不得決；至是乃自雙溝而下，北決油房、曹家、青羊諸口，南決關家、曲頭集、馬家淺、閻家、張擺渡、王家、房家、白糧淺諸口，凡十一，支流既散，乾流遂微。乃淤自匙頭灣八十里，而河變又極矣。趙孔昭、翁大立前後治之無功。議者欲棄乾河，而行舟於曲頭集、大枝間。冬初水落，則乾已平沙，而枝復阻淺。又議棄黃河運，而胶河、泇河、海運紛沓莫可歸一。於是即家起都御史潘季馴治之。季馴之治水，惟求復故道而已。乃上言：「老河故道，自新集歷趙家圈出小浮橋，安流無患。後因河南水患，別開一道，出小河口本河漸被沙淺。嘉靖間，河北徙，故道遂成陸地。臣奉命由夏鎮歷豐、沛，至崔家口；由崔家口歷河南歸德、虞城、夏邑、商丘諸縣至新集，則見黃河大勢，已直趨潘家口矣。父老言去此十餘里，自丁家道口以下二百二十里，舊河形跡見在，可開。臣即自潘家口歷丁家道口、馬牧集、韓家道口、司家道口、牛黃堌、趙家圈，至蕭縣一帶，皆有河形，中間淤平者四分之一，河底皆滂沙，見水即可衝刷。臣以為莫若修而復之。河之復，其利有五：從潘家口出小浮橋，則新集迤東，河道俱為平陸，曹、單、豐、沛永無昏垫，一利也。河身深廣，每歲免泛溢之患，虞、夏、豐、沛得以安居，二利也。河從南行，去會通河甚遠，閘渠無虞，三利也。來流既深，建瓴之勢，導滌自易，則徐州以下，河身亦因而深刷，四利也。小浮橋來流既遠，則秦溝可免復衝，而茶城永無淤塞之患，五利也。」既報可，乃役丁夫五萬，開匙頭灣，塞十一口，大疏八十里，故道漸復。已而以漕舟壞，季馴閒住。
　　六年（壬申，一五七二）春，河決邳州，運道阻。總河侍郎翁大立復議開泇河，以遠其勢。潘季馴言：「泇與黃河相首尾，今河南決淮、揚北，決豐、沛，漕渠不相屬，泇處中，將焉用之？」已而以漕舟壞，季馴被劾歸。給事中雒遵言治河有效，無如工部尚書朱衡者。乃詔衡與總河都御史萬恭覆視，則泇口限嶺阻石，竟報罷，而一意事徐、邳河。衡上言：「茶城以北，防黃河之決而入；茶城以南，防黃河之決而出。故自茶城至邳州、宿遷，高築兩堤，宿遷至清河，盡塞決口，蓋防黃河之出，則正河必淤，昨歲徐、邳之患是也。自茶城、秦溝口至豐、沛、曹、單，以接縷水舊堤，蓋防黃河之入，則正河必淤，往年曹、沛之患是也。二處告竣，沛縣窯子頭至秦溝口，應築堤御之。」命萬恭總理其事，役丁夫五萬有奇，分工畫地而築之。
　　夏四月，兩堤成。北堤起磨臍溝，迄邳州之直河；南堤起離林鋪，迄宿遷之小河口。各延袤三百七十里，運艘束於河流，睢、邳之間可以稼，建鋪立舍，設軍民守之，如河南、山東黃河例。河乃安運道，嘉、隆之間，治河者以衡、恭、季馴為能。
　　神宗萬曆五年（丁丑，一五七七）秋八月，河決崔鎮，淮決高家堰，橫流四溢，連年不治。詔復以潘季馴為右都御史總理河漕。時有議當疏海口者。季馴言：「海口不能以人力疏治，而可以水勢衝決，計莫如築高家堰塞崔鎮東，河、淮正流，使並趨入海。」上可其奏。季馴為之三年，而高家堰成。一夕黃浦涸，得龍首以獻，其大專車，時以比龍首渠云。
　　十五年（丁亥，一五八七）冬十月，命工科給事中韋居敬相度黃河，議修治之策。時黃河漫流，自開封、封丘、偃師，及東明、長垣，多衝決，大學士申時行言失今不治，河將北徙上流，不下徐、淮，則運道可憂，故有是命。已而督河楊一魁議，因決濟運，導沁入衛。居敬言：「衛輝城卑於河，恐一決有衝潰之患，沁水多沙，善淤，入漕未便，不如堅築決口，開河身，加濬衛河，民得灌田，尤為完計。」上從之。
　　十六年（戊子，一五八八）春三月，禮科給事中王士性上言：「黃河自徐而下，河身高而束以堤，行堤與徐州城平。委全力於淮，而淮不任。黃水乘運河如建瓴，淮安、高、寶、興、鹽諸生民，托之一丸泥，決則盡化魚鱉。而議者如蟻穴漏卮，補救無寧歲，總不如復故道，為一勞永逸之計也。河故道，由桃源三義鎮達葉家衝與淮合，在清河縣北。別有濟運一河在縣南，蓋支河耳。河強奪支河，直趨縣南，而自棄北流之道，久且斷，河形固在也。自桃源至瓦子灘九十里，地下不耕，無廬墓之礙。至開河費視諸說稍倍，而河道一復，為利無窮。」章下所司，韋居敬言故道難復。不行。復議開訾家營支河，尋諸決口皆塞，淤者復疏。
　　夏六月，總理河道潘季馴上言：「河水濁而強，汶、泗清而弱，交處則茶城也。每至秋，黃水發入淮，沙停而淤，勢也。黃水減，漕水從之，沙隨水流，河道自通，縱有淺阻，不過旬日。往者立石洪、內華二閘，遇水發，即閉之，以遏其橫；黃水落，則啟之，以出泉水。但建閘易，守閘難，貢使之馳行，勢要之開放，急不能待，而運道阻矣。乞禁啟閉之法。」報可。
　　十七年（己丑，一五八九），河決雙溝單家口，於是專議築趙皮寨至李景高口遙堤，築將軍廟至塔山長堤，築羊山至土山橫堤，河防幸無事。
　　十九年（辛卯，一五九一）秋九月，泗州大水，淮水泛溢，高於城，溺人無算，浸及祖陵。總督河道潘季馴上言：「水性不可拂，河防不可弛，地形不可強，治理不可鑿。人欲棄舊以為新，而臣謂故道必不可失；人欲支分以殺勢，而臣謂濁流必不可分。霖霪水漲，久當自消。」時季馴凡四治河，河皆治。季馴之議，以為河性湍悍善徙者，水漫而沙壅也。法莫若以堤束水，以水攻沙，循河故道，束而湍之，使水疾沙刷，無留行，而又近為縷堤；縷堤之外復為遙堤，故水益淺遠，不至旁決。
　　二十三年（乙未，一五九五）夏四月，命工科給事中張企程勘淮、泗工。先是，邳州、高郵、寶應大雨水，湖決壞堤，泗州水，浸祖陵。巡按御史牛應元言：「治河在辟清口浮沙，次疏草灣下流，達伍港、灌口，廣其途入海。次開周家橋達芒稻河入江，而鮑、王諸口，決為巨浸，難以施工，或分其水築黃堌、戎口之壩，疏符離集、睢水之淺，濬宿遷小河入黃之口。」故有是命。已而企程覆奏：「隆慶末，高、寶、淮、揚告急，當事狃於目前，清口既淤，又高築堰，堤張福以束之，障全淮以角黃，舉七十二溪之水匯於泗者僅口數丈出之。出之十一，瀦之十九，河身日高，安得不倒溢以灌泗乎？今高家堰費巨，未可議廢，且並高、寶、淮、揚亦不可少，周家橋北去高堰五十里，其支河接革子湖，若濬三十餘里，一自金家河入芒稻河注之江，一自子嬰溝入廣洋湖注之海，則淮水泄矣。武家墩南距高堰十五里，偪永濟河，引水自窯灣閘出口，直達涇河，自昭陽湖入海，則淮之下流有歸，此急救祖陵之議也。」
　　九月，總督漕運褚鐵議導淮。總理河道楊一魁議先分黃，次導淮。御史牛應元議合行之，又為祖陵計，黃堌口決當制，小林口淤當挑，歸仁堤當培。上從之。括帑五十萬，役夫二十萬，分黃導淮。自黃江嘴導河，分趨五港、灌口逕入海，以殺黃勢，毋盡入淮。導淮則自清口，辟積沙數十里，又於高堰旁，若周家橋、武家墩，稍引淮支流入於湖，為預濬入江入海路以泄之，祖陵水漸退，而水患息。
　　二十四年（丙申．，一五九六）九月戊戌，河工成。總理河道楊一魁、總督漕運褚鐵等賞賚有差。
　　二十五年（丁酉，一五九七）春正月壬寅，河決黃堌口。總督漕運尚書褚鐵言：「黃口宜塞，否則全河南徙，害將立見。」
　　三月，濬小浮橋沂河口，小河口工成。自河南徙徐、邳，復見清泗，議者謂全河水微，妨運，決口不塞，恐下咬歸仁，為二陵患。獨總河尚書楊一魁謂黃堌口深淵難塞，議濬小浮、沂、泗，築小河口。工成，果利運。尋久旱，運河澀，而河又決義安東壩。一魁議濬黃堌口及上歸灣活嘴，以受黃水，救小浮橋、泗上之涸。因繪河圖上言：黃河自古為患，近自分黃道淮，工成，鳳、泗、淮、揚免昏垫之災，又自黃堌一決，全河南徙，兗、豫、徐、邳得免河患，而其餘波出於義安者，又導之入小浮橋足以濟二洪之涸，則今日之河既有合於決堤放水之議矣。而議者猶曰：運道有淺澀之虞，祖陵有意外之患，地方有淹沒之苦。不知國家運道，原不資於河。全河初出亳、壽之郊，以不治治之。故歲無治河之費，其後全河漸決入運，因遂資其灌輸，五十餘年，久假不歸，又日築垣而居之，涓滴不容外泄，於是濁沙日澱，河身日高。上遏汶、泗，則鎮口受淤，魚、滕被侵；下壅清、淮，則退而內瀦，盱、泗為魚；以至瀕河沒溺，歲運飄流，甚至浸及祖陵。而當事者猥以運道所資，勢不能卻之他徙。臣奉明命，改弦易轍，首開武墩經河，次疏具壩、固莊，又挑小浮橋、小河口、沂河口故道，幸小浮橋股引之水，李吉口未斷之流，已足濟運矣。以汶、泗、沂、兗之水，建閘節宣，運道自在，固不必殫力決塞，以回全河。蓋決河所經，有山西、阜子諸坡湖以為之匯，有小河、白洋、固朱等河溝以為之委。祖陵雄據上游，崇岡迭嶂，諒無可慮。即歸仁一堤，見為險要，亦非水沖，萬一失守，亦不過下浸桃清，由洪澤諸湖以下清口，勢不能逆流倒灌上及盱、泗也。至南流泛濫，雖不免為下邑民生之害，碣山水道當衝，南流北流俱不得免，必須遷城以避河患。其以涸口被災者，惟有蕭、宿、靈、睢。往者，全河未徙之時，豐、沛、魚、滕、徐、邳不被淹沒乎？近庚寅、癸巳之秋，徐、邳二州不幾為魚鱉乎？較之今日，孰重孰輕？故臣始終自信，以為止就已成之功，稍終未完之緒，則自不至為運道之虞，亦不能為陵寢生民之患。抑臣又有說焉，禹之導河，析二渠，播九河，隨水之所向，不與爭利。今河南、山東、江北州縣，棋列星布，在在堤防，水不及汴梁矣，則恐決張秋；不及張秋矣，又恐淤鎮口；不及鎮口矣，又恐淹宿州。凡禹之所空以與水者，今皆為我所占，無容水之地，固宜其有衝決也。今若空碣山一邑之地，北導李吉口，下濁河；南存徐溪口，下符離；中存盤岔河，下小浮橋。三河並存，南北相去五十里，任水遊蕩，以不治治之。量蠲一邑千金之賦，歲省修河萬金之費，此亦一時之省事，萬世之良圖也。
　　二十六年（戊戌，一五九八）春三月，工部給事中楊應文請開泇河。泇河在滕、嶧、沂、洙下流，南通淮海。隆慶以來，翁大立數議未決。舒應龍嘗鑿韓莊，中輟。時河決黃堌口，請終其功。報可。
　　夏六月，以工部侍郎兼右僉都御史劉東星總理河道漕運。東星循行河堤，謂阻漕治在標，決河治在本，兩利而並存之。議開趙渠，蓋商城、虞城以下，至於徐州，元賈魯故道也。嘉靖末，北徙，潘季馴議開之，計費四百萬而止，及河決單縣黃堌口稍通成渠，惟曲裡館至三仙臺四十里如故。東星因欲濬之，又自三仙臺至泗州小浮橋開支河，又濬漕河，起徐、邳至宿，費可十萬緡。
　　二十九年（辛丑，一六０一）秋九月，河決蕭家口。先是，開封歸德大水，商城、蒙城等處，河衝蕭家口百餘丈，全河南徙，淮、泗賈舟不及去，置於沙上。總督河漕工部尚書劉東星卒於濟寧。東星濬趙渠，開泇河，工未竟而卒。
　　十一月，河南道御史高舉言：「胶、萊海運，嘉靖間，山東副使王憲議開胶萊河，河之南口，起麻灣，北口至海滄，相距三百三十里，其地河形至今尚在。兩口皆貯潮水，不假濬者二百餘里，濬者一百三十里。但其下多石，水微細，使極力開鑿，止三十里遠耳。如河成，我江漕由淮安清江浦，歷新壩馬家濠而來，計良便。國初罷海運者，以馬家濠未通，舟出大洋故也；馬家濠通，舟行小海中，自不險。從麻灣、海滄二口逕抵天津直沽。」至是舉循其議上，格於守臣而止。先是，張居正柄國，即有議開泇河者，山東參政馮敏功曰：「泇口穿葛墟諸山，皆砂石，不可鑿，南北大湖相連，不易堤，甚非計也。」事遂寢。又欲由海疲乏開胶河。敏功奏議曰：「胶河僅衣帶水，餘悉高嶺大阜，且地皆岡石，山水奔瀑，工難竟。即竟矣，海水挾淖沙而入必復淤，不若舍胶、泇而專治河，河漕合治則國儲民命兩利，分治則兩敗矣。」然居正竟促撫、按開濬，才及數尺，果皆岡石黑沙難施畚鍤，費幣金十三萬，迄無成功乃止。
　　三十一年（癸卯，一六０三）春正月，山東巡撫黃克纘言：「開王家口為蒙牆上流，上流既達，則下流不宜旁泄，宜塞。」從之。
　　夏四月，總理河道侍郎曾如春卒。如春治河，力主開黃家口。領六十萬金，竭智畢慮，既開新河，雖深廣，其南反淺隘，故水不行。所決河廣八十餘丈，而新河僅三十丈，不任受。或告如春曰：「若河流既回，勢如雷霆，藉其自然之勢衝之，何患淺者之不深。」如春遂令放水，河流濁，下皆泥沙，流勢稍緩，下已淤半矣。一夕水漲，衝魚臺、單縣、豐、沛間，如春聞之，驚悸暴卒。以工部右侍郎李化龍總理河道。
　　三十二年（甲辰，一六０四）春正月，總理河道侍郎李化龍請開泇河。曰：「河自開封、歸德而下，合運入海，其路有三：由蘭陽出茶城，向徐、邳，名濁河，為中路；由曹、單、豐、沛出飛雲橋，向徐溝，名銀河，為北路；由潘家口入宿遷，出小河口，名符離河，為南路。南路近陵，北路近運，惟中路既遠於陵，亦濟於運。前督臣排群議，興茲役，竟以資用乏絕，不得竣事。然自堅城以至鎮口，河形宛然，故為今計，惟守行堤，開泇河為便。」上從之。
　　秋八月，河決蘇家莊，淹豐、沛，黃水逆流，灌濟寧、魚臺、單縣，而魚臺尤甚。
　　九月壬申，分水河成。
　　三十三年（乙巳，一六０五）秋七月壬午，呂梁河澀。給事中宋一韓論前總督李化龍泇河之誤。不報。
　　三十四年（丙午，一六０六）夏四月癸亥，河工成。自朱旺口至小浮橋袤百七十里，河歸故道，役五十萬人，費八十萬金，五閱月而竣。
　　愍帝崇禎六年（癸酉，一六三三）夏五月，運河淺阻，降總理河道尚書朱光祚一級。