十年（丁巳，一四九七）二月，上屢游後苑，侍講王鏊侍經筵，講文王不敢盤於游畋。上悟，納之。召李廣等戒之，曰：「今日講官所指，蓋為若輩，好為之！」竟罷游。
　　三月，上御文華殿，召大學士徐溥、劉健、李東陽、謝遷議政事，賜茶而退。東陽謂「自天順末，至今三十餘年，嘗召內閣，不過數語即退。是日經筵罷，有此召，因得見帝天姿明睿，廟算周詳」云。
　　五月，京師風霾，各省地震，詔求直言，祠祭郎中王雲鳳上言納忠言，罷左道、齋醮、採辦、傳奉諸事。上嘉納之。
　　秋八月，上欲施恩後家。外戚張氏有河間賜地四百頃，欲並其旁近民田千餘頃得之，且乞畝加稅銀二分。戶部尚書周經言：「河間地多沮洳。比因久旱，貧民即退灘地耕之，遇潦輒沒。即欲加稅，將貽無窮之害，不可。」疏三四上。後有雄縣退灘地，獻為東宮莊者，上因經前奏，皆抵之罪。一時貴戚近幸有所陳請，一裁以法，皆斂不得肆。
　　十一月，詔取太倉銀三萬兩，周經言：「皆係小民脂膏。」上遂止。
　　十一年（戊午，一四九八）秋七月，以浙江大水，戶部尚書周經請停織造，從之。
　　九月，清寧宮災，敕群臣修省。大學士李東陽上疏弊政，上嘉納之。以少監莫英等督京、通倉，周經言其弊，不納。
　　冬十月，太監李廣有罪自殺。廣以左道見寵任，權傾中外。會幼公主痘殤，太皇太后歸罪於廣。廣懼，飲鴆死。上命搜廣家，得納賄簿籍，中言「某送黃米幾百石」，「某送白米幾千石」。上曰：「廣食幾何，而多若是？」左右曰：「黃米，金也。白米，銀也。」上怒，籍沒之。已而太監蔡昭請廣祭葬祠額，許之。閣臣言其不可，上命止予祭。
　　十一月，下詔寬恤天下。議修清寧宮，兵部尚書馬文升請發內帑，免征派，停止四川採木之擾。從之。
　　十二年（己未，一四九九）春正月，給事中楊廉疏：「講書宜用《大學衍義》」從之。
　　夏五月，吏部尚書屠鏞疏請禁內降，弭災變，大意言：「天下士事詩書而躬案牘，積數十年不可得。而奔競之士，或緣技藝蒙幸，如拾芥然，不可以為訓。」又曰：「今日之傳奉，即漢所謂西邸之爵，唐所謂斜封之官，宋所謂內批之降。陛下當遠宗堯、舜，豈可襲末世之弊轍乎？」下所司知之。
　　六月，刑部侍郎屠勛勘壽寧侯與河間民構田事，直田歸民。勛上言：「食祿之家不言利，況母后誕毓之鄉，而與小民爭尺寸地，臣以為不可。」上嘉納從之。
　　秋九月，南京禮部尚書謝綬因災異率九卿陳時政二十八事，下所司議行之。
　　冬十一月，清寧宮興工，詔番僧入宮慶贊，吏部尚書屠鏞上疏諫甚剴切，末云：「自今以後，乞杜絕僧道，停止齋醮。崇聖賢之正道，守祖宗之成法。使天下後世有所取則。」上悅，從之。
　　十三年（庚申，一五００）春正月，上以法司律例繁多，命刑部尚書白昂會九卿大臣刪定畫一，頒中外行之。大學士劉健上言：「自古願治之君，必早朝晏罷，日省萬機。祖宗黎明視朝，每日奏事二次。邇者視朝太遲，散歸或至昏暮，四方朝貢，奚所瞻觀？矧今各邊啟釁，四方薦災，尤為可慮。怠荒是戒，勵精是圖，庶可以回天意，慰人心。」上嘉納之。
　　二月，命戶部侍郎許進往勘河間貴戚田莊。進會巡撫高銓勘之，冤聲撼野，至擁州縣吏不得行。進遽欲執以復命，銓曰：「若是，固為民至意；萬一不測，如民重得罪何！請勘實以聞。上雅愛民，必不忍奪其業以利左右。」進以為然，遂勘實上疏：「係民業，宜予民。」上從之。
　　三月，給事中曾昂上言，以邊方調度日煩，請令諸布政司，公帑積貯及均傜羨餘，盡輸太倉。戶部尚書周經言：「用不足者，蓋以織造、賞賚、齋醮、土木之故。若一切節省，自宜少裕。必欲盡括天下之財，豈藏富於民之意乎？」乃止。眾皆服其議。
　　夏五月，吏部尚書屠鏞、戶部尚書周經各以星變乞致仕，許之。翰林檢討劉瑞上言八事：崇聖德，親儒臣，嚴近習，全孝思，旌直言，勵士風，畏小民，飭邊備。上嘉納之。
　　六月，陝西巡撫都御史熊翀得玉璽來獻。禮部尚書傅瀚言：「以史傳諸書考之，形制、篆刻皆不類，其為贗作無疑。即使非贗，人主受命在德不在璽。」上乃屬庫藏之。
　　十四年（辛酉，一五０一）春正月，陝西地震。南京僉都御史林俊上疏歷述漢、晉以來，宮闈內寺柄臣之禍。請減齋醮，清役占，汰冗食，止工作，省供應，節賞賜，戒逸欲，遠佞幸，親正人。兵部尚書馬文升上言：「祗畏變異，痛加修省。」勸上：「積金帛以備緩急，罷齋醮以省浪費。止傳奉之官，禁奏討之地。將陝西織造絨褐內臣，早取回京，以蘇軍民之困。」上嘉納之。禮部尚書傅瀚率九卿疏弭災、時政三十一事，不報。瀚復言：「民心易感，在結之以恩；天意可回，在應之以實。屬者所陳，當如拯救，猶恐不及。而側聽彌月，未賜宸斷，何以為理？」疏入，從之。時南北九卿上疏言事，俱報可。
　　三月，保定撫臣獻白鴉以為瑞，禮部尚書傅瀚劾其不當，奏詔斥遣之。秋九月，詔遣中官王端往武當設像修齋，大學士劉健、吏部尚書倪岳、兵部尚書馬文升各疏諫，上遽止。
　　冬十月，改馬文升為吏部尚書。
　　十五年（壬戌，一五０二）正月，大計天下吏。上召馬文升至暖閣，諭之曰：「天下覲吏畢集，卿其用心採訪，毋縱毋枉，以彰黜陟。」文升頓首曰：「陛下圖治若此，宗社福也，敢不仰承。」乃令中貴人掖之下陛。自是，汰不職者二千餘人，皆當。
　　召兩廣總督劉大夏為兵部尚書。大夏素以安內攘外為已任，命下，人心翕服。先是，大夏在廣東、西，一歲再求去，皆不許。既廷謝，上御帷殿，召問之曰：「朕素用卿，而數辭疾何也？」大夏對曰：「臣老且病，今天下民窮財盡，萬一不虞，責在兵部。臣自度力不足辦，故辭耳。」上默然。居數日，復召問：「徵斂俱有當，何至今而獨言民窮財盡也？」大夏對曰：「止謂其不盡有常耳，他固未暇論。即臣在廣西取鐸木，廣東市香藥，費固以萬計。」上曰：「若向者言之，固已停止矣。其他徵斂，可一一議革也。」上一日問：「諸衛所卒強勇可用否？」對曰：「向者臣固言民窮，而卒殆甚焉，何以作其銳！」上曰：「在衛有糧戍征有行糧何乃窮也？」對曰：「江南困轉漕江北困京操他困又不止此，且所謂月糧、行糧者半與其帥共之能無窮耶？」上歎息曰：「朕在位久不能知何稱為人主！」乃令九卿大臣，各以其職言軍民弊政，而擇行之。
　　二月，吏部尚書馬文升上言三事：一曰裁冗官。言近年以來，傳奉等官，將有八百餘員，每歲實支米不下萬石。能減一官，則省一官之俸，寬一分，則民受一分之賜。二曰杜奔競。言朝覲既已去之，又復留之，故覬覦之徒，干求復進。陛下以此不職之數人可惜，則天下千百萬困苦之蒼生獨不可惜乎？三曰革濫進。邊圉多警，許生員納馬入監，有七千餘名。川、陝荒歉，守臣又具奏上糧入監，通前共有數萬餘人。大害選法，人民受害。上皆納之。
　　冬十月，上欲於近畿地方團操人馬，為左右掖。以問劉大夏，對曰：「京西保定地方獨設都司，統五衛，仰思祖宗亦即此意。」遂將保定兩班軍萬人，發回衛團操。乃有造飛語帖宮門，以誣大夏者。上召大夏示之，曰：「宮門豈外人可到？必內臣忿不得私役軍為此耳。」上又問大夏：「兵餉何以常乏？」大夏意欲削鎮守中貴人，對曰：「臣無暇及他鎮，即臣在廣，而廣之會城撫、按、總兵三司，不能敵一中貴人，餉何以不乏？」上曰：「然。第祖宗來設置此輩已久，安能遽削之。今必令廉如鄧原、麥秀者而後補，不然，姑闕焉可也。」上複語大夏：「諸司言弊政詳矣，而不及御馬監、光祿寺者何？夫弊莫甚於二曹。」大夏曰：「上悉之幸甚。在獨斷而力行之耳！」先是，光祿供奉內府，自有常額。成化以來，內員漸繁，常供不足。乃責京師邸戶辦之，甚苦。至是，大夏因言光祿日辦煩費，殺牲數百，既損民財，復虧愛物之仁。上為惻然，即敕兵部侍郎，同給事御史清理裁革。光祿卿艾璞曰：「劉東山此奏，歲省光祿金錢八十餘萬。古稱仁人之言其利溥，此之謂與！」然中官因是愈側目大夏矣。
　　十六年（癸亥，一五０三）春二月，敕河南取牡丹三十本，巡撫都御史孫需上疏不可，上命止之。
　　夏五月，京師大旱，兵部尚書劉大夏因言：「兵政之弊，未能悉革。」乞退，不允，令開陳所言弊端。大夏條上十事，上覽奏嘉納，命所司一一行之。上又召大夏於便殿，諭之曰：「事有不可，每欲召卿議，又以非卿部事而止。今後有當行當罷者，卿可揭帖啟朕。」大夏對曰：「不敢。」上問：「何也？」曰：「臣下以揭帖進，朝廷以揭帖行，何異前代斜封墨敕！陛下宜遠法帝王，近法祖宗，事之可否，外付府部，內咨閣臣可也。如用揭帖，上下俱有弊，且非後世法，臣不敢效順。」上稱善。又嘗問：「天下何時太平？朕如何得如古帝王？」對曰：「求治不宜太急，凡用人行政，即召內閣，並執政大臣而議行之，但求順理以致太平。」上曰：「劉健嘗薦劉宇才堪大用。朕觀宇小人，內閣亦豈盡可托？」時刑部尚書閔珪持法忤旨，上與大夏語及之而怒，大夏曰：「人臣執法，不過效忠朝廷，珪所為無足異。」上曰：「古亦有之乎？」對曰：「舜為天子，臯陶為士，執之而已。」上默然，徐曰：「珪第執之過耳，老成人何可輕棄。」竟允珪請。一日，上召大夏入御榻前，上左右顧，近侍內臣退避去。奏事畢，復來。大夏對久，欲起不能，上命太監李榮掖大夏出。
　　十七年（甲子，一五０四）春正月，內旨修延壽塔於朝陽門外，大學士劉健疏諫止之。
　　三月，內旨行河南取樂工，巡撫都御史韓邦問疏諫止之。夏五月，敕吏部都察院：「比年考察朝覲官，據撫按語多失實。務備細參訪，精白一心，秉持公道。庶幾澤被生民，上回天意。其欽承之！」
　　六月，小王子寇宣府，劉大夏請屯兵喜峰口、燕河營以備之。太監苖逵謀帥師搗其營，上召大夏問以王越威寧之捷，大夏曰：「臣聞之從征將士，當時所俘獲婦稚十數耳。幸而大寇方深入，不相值，值之則無噍類矣。」上曰：「即爾，太宗何以屢得志？」大夏曰：「陛下神武故不後太宗，而將領人馬，不能什二三擬也。且其時淇國公一小違節制，而舉十萬眾悉委之沙漠，奈何易言之！度今上策，惟有守耳。」而戴珊亦從旁贊其語。上遽曰：「微二人，吾幾為人誤。」事遂止。珊亦以材見知。上御文華，有所召對，必大夏，再宣必及珊。