劉瑾等誣逮工科給事陶諧，廷杖落職為民。諧前後上疏戒逸游，遠讒佞，停止不急工作，差官賣咸織造，皆直指群奸欺蔽之罪，瑾等以是大恨之。已而復以他事逮之理，捃摭百端，終不屈，杖戍肅州衛。
　　五月，以講官詹事楊廷和為南京戶部右侍郎，學士劉忠為南京禮部右侍郎。舊事，御經筵畢，必獻規諫語。是日，廷和、忠直講既罷，上謂劉瑾曰：「經筵講官耳！何多詞？」劉忠與廷和皆舊東宮官，奏曰：「二人當令南京去。」遂有是遷。時南部無缺，皆添注。雖升之，實遠之也。忠謂廷和曰：「此行須別瑾否？」廷和曰：「瑾所為如此，不可再見之，人知必以我輩交瑾矣。」忠深然之。廷和乃以蜀錦辭瑾，瑾曰：「劉先生不足我耶？」遂厚廷和而疏忠。時劉宇為中樞，托保國公家人朱瀛者，交通劉瑾，日數往來。兵部郎中楊廷儀，廷和弟也。每俟瀛出，必招入私署，留坐款語。四司官有不附宇者，瀛必言於瑾，令外補。廷儀獨諂諛宇。廷儀能文，宇章奏皆廷儀為之。
　　吏部推總督兩廣右都御史熊繡掌南京都察院事，劉瑾矯詔令致仕。繡在兵部，結怨中貴。至兩廣，供應裁革，日唯廩給數升而已。瑾使人蹤跡，其人歎息而去，瑾竟不能害。致仕歸之日，雖紙筆藥餌，一無所取。
　　六月，給事中許天錫手具登聞鼓狀，力陳時弊，懷中不敢奏，自經屋樑死。天錫在弘治中素言事，有氣節。時給事中郄夔覆視榆林功次，瑾私人冒功多，夔難所紀敘，亦自經死。給事中周鑰使還，當賂瑾，無所借資，自刎桃源舟次。
　　劉瑾議革天下提學官，吏部尚書許進謂提學作育人材之本，執奏不可，止之。太監李榮傳旨：「御馬太監谷大用父奉、御用太監張永父友俱升錦衣衛指揮使。」尋俱進都督同知。此內臣父兄授官之始。
　　秋八月，欽天監五官監候楊源奏：「自正德二年以來，火星入太微垣帝座之前，或東或西，往來不一。」勸上思患預防，意蓋指劉瑾也。瑾大怒，曰：「源何官，亦學為忠臣耶！」矯旨逮送錦衣衛，杖三十，謫戍肅州，至懷慶卒，妻度氏斬蘆荻覆屍，葬於驛後。源父御史瑄以劾曹、石謫戍嶺外，猶幸生還。源忠直不愧其父，而身遂不免，朝野悲之。
　　劉瑾改其姪婿納粟監生曹謐為千戶，起其妹夫致仕禮部司務孫聰贊畫大同軍務。冬十月，南京戶部尚書楊廷和入朝，命改廷和為戶部尚書，兼文淵閣大學士。南京尚書入閣，自廷和始。
　　起張采復為文選司郎中。采美丰儀，先為文選郎，與焦芳相得，給事中劉（艹洍）劾歸。至是，芳薦采於劉瑾。采，故瑾鄉人。謁朝數日後，始往見瑾，瑾喜迎，笑曰：「好鄉里。外官多不知事，朝後即來。鄉里遲來，最得也。」時許進議調驗封郎中石確於文選，疏已入，而瑾欲復用采，迫進追回用石確疏，以采易之。尋復以采為右僉都御史。而合水韓鼎者，亦由瑾升戶部侍郎，與采同廷謝。鼎先謝老不任，拜起，又吃吃不能致詞，谷、張輩屏後群笑之。瑾甚愧，曰：「且看此人！」既謝，皆歎曰：「好男子，此不負所舉矣！」采歸過瑾，瑾設酒肴預待，曰：「非都憲，我為老韓愧死矣！」相得益歡。
　　十一月，劉瑾矯詔革天下巡撫。始遣科道查盤各邊芻糧。劉瑾素知邊方召商中納積弊，遣科道官三年一次查盤。回奏內有糧粗粃草浥爛者，瑾矯旨逮繫各巡撫及管糧郎中下獄。既至，鎖扭押至所任地方，勒令加倍賠償。凡各商人納過糧草，未給價銀，皆沒官不給。由是商賈困弊，邊儲日乏。劉瑾矯詔裁革天下按察司兵備官。
　　十二月，逮順天府丞趙璜下詔獄，斥為民。璜任濟南知府，裁抑鎮撫中貴，故瑾恨之。巡撫四川都御史劉纓謂蜀水惡，請開通巫山道，可自彝陵達夔州。旨未下，遂開道。瑾矯旨械纓下詔獄，廷臣論救，釋之。
　　三年（戊辰，一五０八）春正月，劉瑾令朝覲官，每布政司納銀二萬兩。考察朝覲官，既上奏，翰林學士吳儼家故富，劉瑾嘗有所求，儼不與，御史楊南金者，都御史劉宇廷撻之，不堪辱，養病去，瑾矯旨綴奏尾，曰：「學士儼，幃幙莫不修，其致仕。御史南金，無病欺詐，其為民。」逮李夢陽下錦衣衛獄，尋釋之。夢陽代韓文草疏，瑾已謫出之，猶未釋也，復羅以他事，械至京下獄，將置之死。時翰林修撰康海與夢陽同有才名，各自負不相下。瑾慕海，常欲招致門下，而海不往。瑾恒先施，海輒瞷間亡答之，竟不一見。至是，夢陽客左氏者，詣獄語夢陽曰：「子殆無生路矣！惟康子可以解之。」夢陽曰：「吾與康子素不相下，今死生之際始托之，寧不愧於心乎？」左曰：「不謂李子而為匹夫之諒也！」強之再，夢陽乃以片紙書數字，曰：「對山救我，唯對山為能救我。」對山者，海別號也。左持書詣海，海曰：「是誠在我，我豈吝惡人之見，而不為良友一避咎也！」遂詣瑾。瑾大喜，延置上座。海曰：「昔唐玄宗任高力士，寵冠群臣，目為李白脫靴。公能之乎？」瑾曰：「即當為先生役。」海曰：「不然。今李夢陽高於李白，而公曾不為之援，奈何欲為白脫靴哉！」瑾曰：「此朝廷事。今聞命，當為先生圖之。」海遂解帶與之飲，達曙別去。夢陽由是得釋，而海與瑾往復，竟罹清議矣。
　　左都御史屠滽掌院事。一日，上審錄重囚本，內寫「劉瑾傳奉」字重複數多，瑾怒罵之，滽率十三道御史謝罪。御史跪於階下，瑾數其罪斥責，皆叩頭不敢仰視，久乃起。
　　二月，起前都御史雍泰提督操江。先是，馬文升、劉大夏交薦之。及給事中潘鐸等復疏：「泰有敢死之節，克亂之才。」許進薦於瑾，瑾以同鄉故起之。鄉人諭泰謝瑾，泰曰：「進退在天，若奈我何！」
　　三月，改翰林院編修顧清等為部屬。時焦芳子焦黃中會試中式，芳意欲得大魁。既而取呂抩第一，黃中居二甲首。芳謂諸執事抑之，遂入言於劉瑾，改清等官，而授黃中簡討及劉宇子劉仁等六七人俱為庶吉士。數月，黃中、仁等俱擢編修。
　　劉瑾修理莊田，擅掘天、地壇后土，侵廠官地五十餘頃，毀官民房屋三千九百餘間，發民間墳二千七百餘塚。降湖廣按察司僉事湯沐為武義知縣，罷江西按察司副使陳恪。
　　恪、沐為御史時忤瑾，故降之。逮御史涂禎下獄死。禎，江西新淦人。初為江陰令，治行奏天下第一，征為御史，差巡長蘆鹽課。劉瑾欲令割送該年餘鹽銀兩，禎不從，瑾銜之。後禎復命，俟於朝門。遇瑾不為禮，即矯旨下錦衣衛獄，杖戍肅州衛，禎重傷死於獄。仍行原籍，查禎男涂樸，起解補伍。瑾敗，始得釋。
　　逮前總制三邊都御史楊一清下獄，尋釋之。先是，一清巡邊，上疏陳戰守之策，請復守東勝，開屯田數百里，省內運。奏上，報可。一清遂興築邊牆，克期完工。而劉瑾憾一清，罷之，工亦止。至是，又惡其築邊糜費，下詔獄。大學士王鏊言於瑾曰：「一清有高才重望，為國修邊，可以為罪乎！」李東陽亦力救，乃得釋。
　　夏四月，劉瑾假湖廣災傷為名，奏遣同鄉侍郎韓福出理糧餉。福科斂剝削，饋銀數萬。已，復命福兼副都御史，督理湖廣逋賦，民甚苦之。逮御史王時中下獄。正德初，時中抗疏論瑾，瑾銜之，識名於屏。已而時中巡按宣、大，見綱紀隳弛，極意振厲。總督劉宇，瑾私人也，常以贓吏囑時中，不從。瑾既憾時中，宇復譛之。瑾矯詔逮繫，令荷重枷，露立三法司之前三日，數踣且殆。李東陽援之，得釋。
　　以王佐為南京戶部尚書。時遣科道稽核各邊糧芻，先後巡撫憲臣多坐累繫獄。佐一日同尚書顧佐等見瑾，瑾言及茲事，曰：「朝廷必大誅戮，乃大懼耳。」佐曰：「本朝未嘗戮大臣。」有毀尚書許進者，瑾語諸大臣曰：「許進奸邪，若尚書劉宇可為吏部。」佐曰：「佐與劉尚書素厚，與許尚書交淺；然許素有望，恐劉尚書不如也。」毀之者因曰：「王佐黨進。」瑾怒，遂有是遷，欲姑遣之去而徐圖之。
　　劉瑾矯詔令進士陳璋致仕。璋登弘治乙丑進士，既歸，欲終身養母，母讓之曰：「不聞舍孝子而為忠臣者乎？吾得汝祿養足矣。」促北上。至是抵京，值瑾竊政獲罪，遂矯命令致仕。許進宣言於朝，曰：「古今曾有進士致仕者乎？」欲援之而力不能。同事強璋賄瑾，璋曰：「官以賄成，吾不為也。」怡然就道，及家甫二旬而母終，議者謂天所以成孝子也。後瑾誅，應詔起用。
　　五月，南京大饑，劉瑾矯詔敕運米三十三萬石，轉恤鳳陽。南京兵部尚書何鑒執奏，言留都地方重於鳳陽，災傷甚於淮西，止之，始得遣官賑濟。劉瑾矯詔籍沒已故戶部尚書秦紘、通政強珍財產，家屬遣戍。
　　西廠太監谷大用遣邏卒四出，刺南康民吳登顯等三家，以端午競渡，擅造龍舟捕之，籍其家。自是，偏州下邑，見華衣怒馬，京師語音，輒相驚告。官司密賂之，人不貼席矣。
　　六月，鎮守太監廖堂薦舉內外官，預擬升調，吏部多徇之。吏科給事中何紹正劾堂雖奉旨，察賢否注遷，當付吏部。上責堂，下所薦於御史。執朝官三百餘人下詔獄。時早朝有遺書丹墀者，上命拾以進，則告瑾不法狀也。瑾大怒，矯旨跪百官奉天門下，諸監立門東監之。有頃，命大臣出。翰林院官東向跪，曰：「內監雅待眾翰林，敢爾？」亦使出。御史等官東向跪，曰：「御史習知法度，亦寧敢爾？」瑾不聽。時暑甚，僵偃十數人，命曳出。內監黃偉忿曰：「書中所言，皆為國為民。好男子死即死耳！何不自言，嫁禍他人為？」瑾努目曰：「是何好男子！不露章，乃匿名。匿名，固死也，矧御前！」拉諸監入，李榮曰：「入矣，公等俛而舒。」令內豎擲冰瓜焉。有頃，瑾還來，榮曰：「來矣！」皆還跪。瑾目之怒，復入。至暮，盡送下詔獄，長安鬻飯者，爭飯百官市中。明日，李東陽疏救，瑾微聞出內寺，乃得釋。上手匿名書，曰：「汝謂賢，吾故不用；汝謂不賢，今用之。」遂退李榮、黃偉，任瑾益專。
　　逮前戶部尚書韓文下獄。瑾已勒文落職，怒不已，乃以戶部廣東司遺失簿籍，遣官校械繫至京，下錦衣衛考訊，欲置之死。監禁數月，罰米二千石，赴大同親納。時諸大臣忤瑾去者，瑾俱誣以舊事，令輸粟塞下。尚書王佐、張縉、楊守隨、何鑒，都御史熊繡、孫需、戈瑄等皆不免。鬻產不能給，稱貸以償，縉紳為之騷然。
　　給事中安奎、潘希曾，御史張彧、劉子勵俱以查盤，後先忤瑾意，下獄。奎、彧荷校且死，李東陽疏救之，始釋。希曾、子勵杖三十為民。
　　秋七月，以雍泰為南京戶部尚書。瑾以泰不附已，恨之，並欲逐許進。尋遂矯詔令泰致仕。時保國公家人朱瀛者，謀傾許進，以劉宇代之。因進嘗薦雍泰，乘間言於瑾曰：「許尚書佯為恭謹，而外示抗直。如雍泰為山西按察使及宣府巡撫，皆以剛暴辱屬吏，朝廷屢貶不用。今進欺公舉用，又揚言公因泰同鄉用之，非吏部本意。」瑾大怒，立召原任文選郎中張采入內，詰問雍泰貶謫事，如何不備入奏內？采曰：「奏稿備載，許尚書塗之。」瑾索原稿視之，果然。於是擬旨以進欺罔，斥致仕，尋除名為民。馬文升、劉大夏俱以薦雍泰削籍，編修劉瑞亦以薦泰罰粟二百石，輸大同。
　　八月，逮前兵部尚書劉大夏、南京刑部尚書潘蕃下獄，謫戍。大夏在中樞，議革勇士，節光祿無名供饋，歲省官府浮費數百萬，近幸滋不悅。大夏既歸，有激怒於上者，太監寧瑾素重大夏，叩頭諫曰：「此先帝意，非大夏建白。」乃免。又孝宗召見，嘗言劉宇在大同私養官馬，饋送權貴。孝宗密遣錦衣衛百戶邵琪往察之，以養馬未送回奏，太監李榮為解得免。至是，宇銜舊怨，言於劉瑾，謂籍大夏家，可得數萬金，焦芳亦共譛之。會土目岑猛怨潘蕃，圖還田州。納賂瑾，瑾簡蕃原奏岑猛獄詞、大夏在兵部議覆。遂矯詔以猛為田州同知，逮大夏、蕃至京下錦衣衛獄，將坐以「激變土官」罪死。大學士王鏊曰：「岑氏未叛，何名為激變？」都御史屠滽亦言：「大夏不宜深罪。」瑾怒，謾罵曰：「即不死，可無戍耶！」李東陽婉解之。瑾使使詗大夏家實貧，乃與宇謀，與蕃俱擬戍廣西。焦芳曰：「是送二人歸也。」遂發甘肅衛。大夏僱騾車出都門，觀者如堵。所在罷市，父老涕泣，士女攜筐進果食。有焚香密禱，願大夏生還者。
　　以南京右都御史張泰為南京戶部尚書，致仕。泰素清貧，為都御史，奉表賀聖壽，以土葛遺瑾，瑾銜之。會吏部推補是職，瑾矯旨致仕。劉瑾矯詔以劉宇為吏部尚書，曹元為兵部尚書。
　　南京提學御史陳琳上言：「惜老成，宥狂直。」謫廣東揭陽縣丞。琳因瑾排大臣出臺諫，故言及之。九月，江西按察司副使王啟忤劉瑾，降廣西容縣知縣。啟為御史時，敢言，忤中貴。瑾銜之，故有是降。尋又令廣西巡按提問，罰米三百石輸官。瑾又矯旨留巡按御史胡瓚二年。瑾以已陝西人，瓚不附已，故留之。未幾，論遼東事，罰米三百石。
　　劉瑾禁各處有司，不許奏災異。
　　冬十月，劉瑾矯詔以翰林學士張昺為鎮江府同知，修撰何瑭為開封府同知。昺、瑭皆抗直，見瑾不為禮，坐事謫之。