二十四年（乙巳，一五四五）三月，建祈年醮朝天宮。
　　秋八月，永和王知燠獻白鹿上壽，遂告鹿瑞於太廟。是時，上重箕仙。箕下，亦命有司掩骴骼，出故御史楊爵、給事中周怡、工部郎中劉魁詔獄。皆從之。爵、怡、魁甫出三日，吏部尚書熊浹諫止箕仙，復逮獄如故。浹乞休，命錦衣衛遣校尉送原籍為民。
　　二十五年（丙午，一五四六）秋七月，久雨，上曰：「鹿瑞龜祥，洊呈去歲。今朕辰日近，醴泉復出承華，雖聖賢不恃以怠也，而不可不敬謝。其自二十五日至八月望舉謝，停封貢事，毋慢！」八月，加封陶仲文伯爵，仲文特進、光祿大夫、柱國，兼支大學士俸，任一子尚寶司丞。
　　二十九年（庚申，一五五０）夏四月，加封陶仲文恭誠伯。先是，春不雨，上以問仲文，仲文曰：「疑有冤獄。」時楊武知縣王濂以罪坐絞，子策走京師，誣巡撫胡纘宗私隙，故入人罪。述纘宗《迎駕詩》有「穆王八駿空飛電，湘竹英、皇淚不磨」為詛咒。上怒，逮訊久不決。至是，因仲文言釋之。是夜，漏下四鼓，大雨。明日，傳旨封仲文，賜誥，歲祿一千二百石。
　　三十年（辛亥，一五五一）夏五月，復事鎮鹵法壇。先是，帝從陶仲文請，設立符鎮鹵法壇，嚴事之，曰：「褫鹵魄，勿窺我邊圉。」至是，帝以馬市成，諳達款塞，欲撤之。忽報鹵有異謀，帝諭群臣曰：「朕於十九日欲撤鎮鹵法壇，二十日即有警報。玄威所至，亦不可忘。」遂益敬事之。冬十月，邊吏獲叛人哈舟兒、陳通事，禮部上言：「二逆就擒，實賴玄貺所致，至宜告謝雷霆洪應壇，行獻俘禮。」從之。
　　三十一年（壬子，一五五二）二月，太上道君誕辰，建醮永壽宮九日。三月，詔修太和山玄帝宮。
　　三十三年（甲寅，一五五四）秋七月，命駙馬都尉鄔景和、安平伯方承裕、吏部尚書李默、禮部尚書王用賓、左都督陸炳、吏部左侍郎程文德、禮部左侍郎閔如霖、吏部右侍郎郭樸、吳山並直西內，撰《玄文》。景和以不諳玄理，辭免。俄以金幣賜玄修諸臣，猶及景和。景和自疏無功，辭，願洗心滌慮，效馬革裹屍之報。帝怒曰：「景和故出不詳語，當擬怨訕律。」乃革爵安置崑山。時諸臣覬撰玄營進，景和獨不屑直贊。
　　夏四月，舉祀高玄大典，止封停刑。工部尚書趙文華乞歸，以病請。上方修詳細，禁奏疏，尤諱言疾。疏入，觸上怒，罷。
　　三十五年（丙辰，一五五六）夏四月丁巳，命翰林院侍讀嚴訥、修撰李春芳並為翰林學士，右春坊右中允董份直西內撰玄。自是詞臣多捨本職，往往求供奉，希進用。九月，廢徽王載埨為庶人。王善伺上意，上宮中有需，王輒先時獻。道者南陽梁高輔年八十餘，手甲長數寸，善導引。王厚遇之，進之上，拜散人。高輔謹，有所賜予皆辭。王使人求謝，不能應。王故煉女癸服之，上亦需此。高輔馳求，王不與。而王方自恣，興土木，詐稱張世德，自走南京市美女。事聞，奪爵幽鳳陽，王聞之，自殺。
　　是歲，上睿皇帝道號三天金闕無上玉堂都仙法主玄元道德哲慧聖尊開真仁化大帝，獻皇后號三天金闕無上玉堂總仙法主玄元道德哲慧聖母天後，孝烈皇后號九天金闕玉堂輔聖天後掌仙妙化元君。上自號靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君，後加號九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人元虛玄應開化伏魔忠孝帝君，再號太上大羅天仙紫極長生聖智昭靈統三元證應玉虛總掌五雷大真人玄都境萬壽帝君。
　　三十六年（丁巳，一五五七）冬十月，玄岳諸山獻紫芝。已而總督胡宗憲、巡撫阮鶚、御史路楷等相繼上者，不可勝計。
　　三十七年（戊午，一五五八）夏四月，總督胡宗憲獻白鹿。五月，復獻白鹿於齊雲山，帝曰：「一歲二瑞，天眷也。」命告謝玄極殿、太廟。以宗憲忠敬，升一級，百官表賀。
　　秋七月，禮部類進四方獻芝，凡千八百六十有四，詔更求廣徑尺以上者。
　　三十八年（己未，一五五九）六月，以陶世恩為太常寺丞。世恩以陰曆尚寶少卿，為言官所列奪官。至是，仲文乞復子原職，帝命改為太常寺寺丞兼道錄司右演法。是時仲文請假還里，帝下璽書褒諭之，遣錦衣千戶一人護歸仍。賜白金彩繒以示眷懷，令有司歲時存問。
　　三十九年（庚申，一五六０）二月，浙江總督胡宗憲上汪直獄，上曰：「玄祐也。」命告玄極殿，而論宗憲功有差。已而宗憲獻芝草五、白龜二。上悅，賜金帛金彩鶴衣一襲。禮部請謝玄告廟，許之。不數日，白龜亡，上曰：「天降靈物，朕固疑處塵寰不久也。」
　　十一月，秉一真人陶仲文死。仲文習祈禳術得倖，賜坐，稱為師。然亦小心，憚帝威嚴，不敢他有所乾。列爵五等，死諡榮康惠肅，以伯禮葬。隆慶初，奪爵，籍其家。
　　四十年（辛酉，一五六一）二月，分遣御史王大任、姜儆、奚鳳等往天下訪求仙術異人及符篆秘方諸書。
　　十一月，禮部奏四方進芝凡七百六十九本，命採五色盈尺者。淮王獻白雁二，賜金幣，帝曰：「天降祥羽，其告廟。」
　　四十一年（壬戌，一五六二）三月，萬壽宮成。宮災於四十年十一月，不三月而告成。宮中有壽源、萬春、太玄、仙禧諸殿，極其宏麗。上悅，加大學士徐階等秩有差。
　　夏四月癸酉，方士鄠縣王金進五色龜、靈芝，授太醫院御醫，命成國公朱希忠告廟，表賀。壬寅，大學士嚴嵩免。初，方士藍道行以箕幸，上故有所問，密封使中官至箕所焚之。不能答，則咎中官穢。中官乃合方士，啟示而後焚之，每答具如旨。上問：「今天下何以不治？」對曰：「賢不竟用，不肖不退耳。」則問其賢否，對曰：「賢如徐階、楊博，不肖如嵩。」上心動。會御史鄒應龍劾之，上曰：「人惡嚴嵩久矣。朕以其贊玄壽君，特優眷。乃縱逆子負朕，其令致仕。」已而上思嵩贊玄功，意忽忽不樂，諭徐階欲傳位，退居西內，導祈長生。階諫，上曰：「必皆仰奉上命，闡玄修仙乃可。有再言嵩者，並鄒應龍斬之。」嵩知上意，密賂左右發道行怙權及矯稱玉詔諸不法事，竟以妖言律論死。
　　秋七月，內苑獻嘉禾一莖三穗者、兩穗者三十有一。群臣賀。
　　十二月辛酉，甘露降顯陵松上，守備太監張方、奉祀都督僉事蔣華等以進，上悅，告郊廟。
　　四十二年（癸亥，一五六三）夏四月，嚴嵩上《祈鶴文檢》及《法秘》。嵩罷，歸至南昌，延道士藍田玉等為上醮鐵柱觀，田玉因以所藏《召鶴符驗法書》附奏，嵩、田玉皆賞賚有差。
　　秋八月，御苑龜生卵者五。巡撫湖廣都御史徐南金獻白鵲，言出自景陵，群臣表賀。
　　四十三年（甲子，一五六四）三月，妖人李應乾等伏誅。應乾居河南之濟源，一目微眇，兩手涅「日」、「月」字，懷、衛間不逞者多附之。陰鑄印章數百，太白旗數十，付徒眾為符驗，約四月八日起兵。時山東、宣、大、真、順諸處妖人尤眾，互相煽結。而呂某者，潛入京，以白社法惑眾，陰結無賴千餘人。其黨有以偽告身二帙，辟穀藥餌一裹，首告大學士徐階者，緝獲鞫實奏聞。應乾匿山西，久之乃獲，俱伏誅。
　　五月乙卯，桃夜降於御幄，左右雲其空墮。上喜，修迎恩典五日。
　　丙辰，桃復降。是夜，白兔生二子。上益喜，謝玄、告廟。頃之，壽鹿亦生二子，群臣表賀。上以奇祥三錫，手詔答之。
　　四十四年（乙丑，一五六五）春正月，帝不豫，帝注意玄修。先是，王大任奉命陝西、湖廣，招至方外士王金等，能合內養諸藥。姜儆奉命江西、廣東，亦得能通符法者還。復命，俱授翰林侍講。儆不自安，乞還里。大任仍在朝，不為翰林所齒。上雖修玄西內，而權網總攬。夜分至五鼓，猶覽決章奏。自王金等以修煉幸，與陶仲文子世恩希求恩澤，乃偽造五色靈龜、靈芝，以為天降瑞征。又與陶仿、劉文彬、申世文、高守中偽造《諸品仙方》、《養老新書》及以金石藥進御。其方詭秘不可辨，性燥熱，非《神農本草》所載。帝服，稍稍火發，不能愈。然仿竟得遷太醫院使，世恩太常寺卿，金太醫院御醫，文彬太常寺博士。
　　三月，方士熊顯、趙添壽各進《法書》數十冊，帝令留覽，賜冠帶、銀幣遣還。添壽又進《法秘》，乞留覽虛觀祈咒。
　　五月，方士胡大順、藍田玉等伏誅。初，有藍道行者，以方術見帝，帝頗信之。已而事敗，下獄死。胡大順者，故陶仲文徒也。亦以事敗，斥去。希復進用，乃偽造《萬壽金書》一帙，詭稱呂祖以箕授者。用黑鉛取白，名「先天玉粉丸」，命其黨何廷玉齎至京。時嚴世蕃已敗，乃資以賄，因道行徒藍田玉通內侍趙楹獻之。帝曰：「既雲箕書，扶箕者何在？」田玉等遽謂帝念之也，遂與羅萬象者，詐偽旨，征大順至京，更名胡以寧，薦於帝，具奏求圖書及建宮地。及至，則大順也。帝惡之。時宮中屢有氛孽，田玉等遂以為藍道行下獄，故至此。欲以動帝，帝頗惑之。以問徐階，階力言：「大順小人，不畏法紀，而田玉尤甚。且宮孽已久，恐非道行下獄所致。」帝悟，階又言：「田玉乃嚴世蕃黨，妄進白鉛，其意叵測。至妄傳密旨，罪惡尤重。」帝乃命收大順等下錦衣獄，獄具，帝猶欲寬之，復問階，階曰：「聖旨至重。若聽詐傳，他日夜半出片紙有所指揮，將若之何？」於是並楹論死。
　　八月，御幾及褥各得藥丸一，躬謝太極殿，告宮廟。