十八年（己亥，一五三九），國王源義植復以修貢請，許之。期以十年，人無過百，船無過三。然諸夷嗜中國貨物，人數恒不如約，至者率遷延不去，每失利云。
　　二十五年（丙午，一五四六），倭寇寧、臺。自罷市船後，凡番貨至，輒主商家。商率為奸利，負其責，多者萬金，少不下數千，索急，則避去。已而主貴官家，而貴官家之負甚於商。番人近島坐索其負，久之不得，乏食，乃出沒海上為盜。輒構難，有所殺傷，貴官家患之。欲其急去，乃出危言撼當事者。謂：「番人泊近島，殺掠人，而不出一兵驅之，備倭固當如是耶！」當事者果出師，而先陰泄之，以為得利。他日貨至，且復然。如是者久之，倭大恨，言：「挾國主貲而來，不得直，曷歸報？必償取爾金寶以歸。」因盤據島中不去。並海民生計困迫者糾引之，失職衣冠士及不得志生儒亦皆與通，為之鄉導，時時寇沿海諸郡縣。如汪五峰、徐碧溪、毛海峰之徒，皆華人，僭稱王號。而其宗族妻子田廬，皆在籍無恙，莫敢誰何。
　　巡按浙江御史陳九德：「請置大臣，兼巡浙、福海道。開軍門治兵捕討，聽以軍法從事。」從之。乃以朱紈為右副都御史，巡撫浙江兼攝福、興、泉、漳。未至，而泊寧波、臺州諸近島者已登岸，攻掠諸郡邑無算，官民廨舍焚毀至數百千區。巡按御史裴紳劾防海副使沈瀚，守土參議鄭世威因乞：「敕紈嚴禁泛海通番，勾連主藏之徒。」從之。紈乃下令禁海，凡雙檣艅艎，一切毀之，違者斬。乃日夜練兵甲，嚴糾察，數尋舶盜淵藪，破誅之。因上言：「去外盜易，去中國盜難。去中國群盜易，去中國衣冠盜難。」遂鎸暴貴官家渠魁數人姓名，請戒諭之。不報。於是福建海道副使柯喬、都司盧鏜捕獲通番九十餘人以上，紈立決之於演武場，一時諸不便者大嘩。蓋是時通番，浙自寧波、定陽，閩自漳州月港，大率屬諸貴官家，咸惴惴重足立，相與詆誣不休。諷御史周亮、給事中葉鏜奏改紈為巡視。
　　未幾，紈復上言：「長嶼諸處大俠林參等，號稱『刺達總管』，勾連倭舟，入港作亂。更有巨奸，擅造艅艎，走賊島為鄉導，躪海濱。鞫論明確，宜正典刑。」章下兵部，侍郎詹榮覆奏：「中國待外裔，不以向背責之，以昭天地之量。紈所論坐，俱關重刑。乞下都察院覆核。」從之。於是御史周亮等劾紈「舉措乖方，專殺啟釁」。因及福建防海副使柯喬、都指揮使盧鏜「黨紈擅殺，宜置於理」。帝遂奪紈官，命還籍聽理。遣給事中杜汝禎往福建，會巡按御史陳宗夔訊喬等，並核紈事。汝禎、宗夔勘紈「聽信奸回，柯喬、盧鏜擅殺無罪，皆當死」。奏下兵部，尚書丁汝夔如其議上。帝從之，命喬、鏜係福建按察司待決。紈恚自殺，士論惜之。遂罷巡撫御史，不復設。
　　三十年（辛亥，一五五一）夏四月，浙江巡按御史董威、宿應參前後請寬海禁，下兵部尚書趙錦復議，從之。自是舶主土豪益自喜，為奸日甚，官司莫敢禁。
　　三十一年（壬子，一五五二）夏四月，倭寇犯臺州，破黃岩，大掠象山、定海諸邑。
　　汪直者，徽人也。以事亡命走海上，為舶主渠魁，倭人愛服之。倭勇而戇，不甚別死生。每戰輒赤體，提三尺刀舞而前，無能捍者。其魁則皆浙、閩人，善設伏，能以寡擊眾。大群數千人，小群數百人，而推直為最，徐海次之。又有毛海峰、彭老生不下十餘帥，列近洋為民害。至是，登岸犯臺州，破黃岩、四散、象山、定海諸處，猖獗日甚。知事武偉敗死，浙東騷動。
　　秋七月，廷議復設巡視重臣。以都御史王忬提督軍務，巡視浙江海道及興、漳、泉地方。忬巡撫山東，聞命即日至浙。度所治軍府皆草創，而浙人柔脆不任戰。所受簡書輕，不足督率吏士。乃上疏請假事權，誅賞得便宜。且欲嚴內應之律，寬損傷之條。剿撫勿拘。從之，改巡視為巡撫。忬乃任參將俞大猷、湯克寬為心膂，征狼、土諸兵及募溫、臺諸下邑桀黠少年，分隸諸將，布列瀕海各鎮堡，嚴督防禦。浙人恃以無恐云。
　　三十二年（癸丑，一五五三）春三月，王忬破倭於普陀諸山。初，忬廉知俞大猷、湯克寬材勇，既虛已任之。而都指揮盧鏜坐前都御史朱紈事，尹鳳坐贓累，俱繫獄。忬知其能，奏釋之，以為別將，亦募兵分帥之，日犒撫激勵，欲得其死力。倭魁汪直等結砦海中普陀諸山，時出近洋襲官軍。忬偵知之，乃夜遣俞大猷帥銳兵先發，而湯克寬以巨艘佐之，逕趨其砦，縱火焚之。倭倉皇覓艅艎走，官軍隨擊，大破之，斬首一百五十餘級，生獲一百四十三人，焚溺死者無算。值颶風發，兵亂，汪直等乘間率眾逸去。都指揮尹鳳復以閩兵邀擊於表頭、北茭諸洋，斬首百餘級，生獲二百餘人。先後以捷聞，賜白金、文綺有差。
　　夏四月，汪直、毛海等既潰散，剽忽往來不可測，溫、臺、寧、紹俱罹其患。參將湯克寬率兵循海堧，護城堡，捕奔輳，斬獲亦相當。於是賊移舟而北，犯蘇、松郡。二郡素沃饒，賊至捆載而去。有蕭顯者，尤桀狡，率勁倭四百餘，屠上海之南匯、川沙，逼松江而軍。餘眾圍嘉定、太倉，所過殘掠不可言。王忬遣都指揮盧鏜倍道掩擊，斬蕭顯。餘眾復奔入浙，俞大猷等邀殺殆盡。先是，吳、浙間人習選，而文武大吏復不能以軍法繩下，遂至破昌國、臨山、霩（上雨下衢）、乍浦、青村、柘林、吳松江諸衛所，圍海鹽、平湖、餘姚、海寧、上海、太倉、嘉定諸州縣。忬不欲冒功，有所隱沒，隨擊走之。計倭所得亦不償失，前後俘斬共三千餘級，東南賴之。
　　五月，給事中賀涇奏：「留都根本重地，海洋密邇；鎮江、京口乃江、淮咽喉；瓜步、儀真又漕運門戶。請設總兵駐鎮江。」從之。
　　秋七月，太平府同知陳璋，敗倭於獨山，斬首千餘，餘眾浮海東遁。
　　冬十月，倭寇太倉州，攻城不克，分掠鄰境。有失舟倭三百人，突至平湖、海寧等縣。自獨山之敗，倭東遁，江南稍寧。惟崇明南泊失風者，幾三百人，不能去。總兵湯克寬及僉事任環留兵守之。
　　環屬兵三百，皆新募，勵以必死。不入與家人訣，為書赴之而去。親介冑臨陣，士無敢不用命者。環敝衣芒履，與士雜行伍，依草舍間，齧糒飲水同甘苦。至是，相守不下，賊潛出沒，環常夜追之，出其前後。宰夫佩恐有失，衣環衣，介馬而馳，故賊不知所取。環嘗匿溝中，賊過之不知。匿至明，士始得之。又遇矢石，士以死捍環。環被傷，舁之至水濱，梁已撤丈餘，超而過。追急，宰夫留御之，死焉。環求其首，為流涕，親酬之。相拒數月，不克。克寬復督邳、漳等兵擊之，敗績，失亡四百人。官軍疫，不能攻，乃開壁東南陬，倭遂潰圍出，掠蘇、松各州縣。百餘人由華亭縣漴缺登岸，流劫至木涇、金山衛，移舟泊寶山。克寬引舟師迎擊，及於高家嘴，毀其舟，斬七十三級，生擒十四人。倭別隊失風至興化，殺千戶葉臣卿。知府黃士弘、指揮張棟擊殲之。時沿海諸奸民乘勢流劫，真倭不過十之二三。
　　三十三年（甲寅，一五五四）三月，倭自太倉潰圍出，乃掠民舟入海，趨江北，大掠通州、如臯、海門諸州縣，復焚掠鹽場。有漂入青、徐界者，山東大震。
　　改王忬為右副都御史，巡撫大同，以徐州兵備副使李天寵代之。忬在浙江，薦盧鏜，釋柯喬，激勵諸將。鄧城、劉堂、孫敖等爭奮逐北，以死綏著節。復廣為偵刺，凡沿海大猾為倭內主者，悉繫之，按覆其家。自是倭不復知中國虛實與所從嚮往。而艅艎在海中者，亦無以菽粟火藥通，往往食盡自遁。又行視諸郡邑未城者，計寇緩急，次第城之，凡三十餘所。杭州官吏以烽火不時發，日集坊民登陴守，多怨苦。忬曰：「吾斥堠明，無慮弗及，奈何先敵受困耶！」令罷之，一郡皆歡。至是去，以徐州兵備副使李天寵為僉都御史代忬。忬去，而浙復不寧矣。初，忬薦盧鏜為參將鎮閩。閩人故忌鏜，劾鏜「兇險不可用」。罷之。而沿海大猾且言「忬令大猷搗巢非計」。欲搖動忬，忬不為動。已而南京各官復薦鏜，乃用鏜為參將，而以俞大猷為浙直總兵。以南京兵部尚書張經總督浙、福南畿軍務。時朝議方征狼、土兵剿倭，以經嘗總督兩廣有威惠，為狼、土所戴服，故用之。敕令節制天下之半，便宜從事，開府置幕，自辟參佐。經亦慷慨自負，中外忻然，謂倭寇不足平。
　　夏四月乙亥，倭寇自海鹽趨嘉興，參將盧鏜御之，稍卻。次日，復戰於孟宗堰。伏發，殺官軍四百人，溺死無算，都司周應禎等死之。賊乘勝入據石墩山，分兵四掠。攻嘉興府，城副使陳宗夔帥兵禦卻之，焚其舟。賊遯入乍浦，與長沙灣寇合犯海寧諸縣。既而東掠入海至崇明，夜襲破其城，知縣唐一岑死之。倭自崇明進薄蘇州，大掠。
　　六月，倭自吳江掠嘉興，都指揮夏光御之，背王江涇而陣。倭鼓噪而前，我兵大潰。光急入舟，中流矢溺死。蘇州倭寇至嘉善，轉掠松江出海，總兵俞大猷擊敗之於吳松，所擒七人，斬二十三級。
　　八月，倭寇自嘉興還屯採淘港、柘林諸處，進薄嘉定。會募兵，參將李逢時、許國以山東民鎗手六千人至，與賊遇於新涇橋。逢時率麾下先進，敗之。賊退據羅店，官軍追及之，斬八十餘人。許國恨逢時與同事，不約已。乃別從間道擊賊，欲分逢時功。追至採淘港，乘勝深入，伏起，大潰，溺水死者千人，指揮劉勇等死之。
　　工部侍郎趙文華上言：「倭寇猖獗，請禱祀東海以鎮之。」帝命往祀，兼督察沿海軍務。文華至浙，凌轢官吏，公私告擾，益無寧日。
　　三十四年（乙卯，一五五五），柘林倭奪舟犯乍浦、海寧，攻陷崇德，轉掠塘西、新市、橫塘、雙林、烏鎮、菱湖諸鎮，杭城數十里外，流血成川。巡撫李天寵束手無策，惟募人縋城，自燒附郭民居而已。張經駐嘉興，援兵亦不時至。副使阮鶚、僉事王詢竭力御之，僅免失陷。致仕僉都御史張濂目擊時事，痛之，乃上言：「臣本杭人，頃復家居五載，頗知海寇始末。始以海禁乍嚴，遂致猖獗。而督、撫因循玩愒，養成賊勢。夫堂堂會城，閉門旬日，已有垂破之勢。徒以意得志滿而去，更無一兵一旅阻其去來。城寇野心，欲如谿壑，能保其不復至哉？臣恐賊退之後，又復收拾傷殘首級，虛張功次，以欺陛下。仍有從而庇之者，則罰罪之典，又移而為賞功之命矣。臣寓父母之邦，同舟共濟，志惟切於報君，嫌何避於出位，敢以三策為陛下陳之。一曰重軍法以作積弱之氣。士惟力戰而後克敵，亦惟畏法而後力戰。今江南非無義勇也，迎敵九死，退走十生，何怪其有退而無進哉。軍法之行，不在行陣而在平時，誠得必死之士萬夫，海寇百萬不足平矣。一曰選民兵以收必勝之功。夫江南衛、所，已成虛設，地方有急，輒假外兵。餬口而來，原非義勇；掉臂而去，莫可勾查。臣愚以為莫若盡散調募之兵，專責州縣立保伍，更番較閱，期於不擾。一遇有警，按籍而呼，共保身家。寇小至，則率眾以攻之；大至，則堅壁以守之。一曰復海市以散從賊之黨。夫海市舊制，原非創設。向使瀕海之軍衛如故，則市舶未為害也。惟武備日弛，不能制變。而後海禁漸嚴，倭寇乏食，海寇由之以起。惟軍民既練，寇掠則懼遭斬獲，交易則可保首領。彼雖至愚，必不以彼易此。然後相機稍復海市之舊，不惟散已聚之黨，而瀕海窮民假此為生，又足以收未潰之人心。」
　　夏四月，廣西田州土官婦瓦氏引狼、土兵至蘇州，總督張經分隸總兵俞大猷等殺賊。時倭據川沙窪、柘林為巢，經冬涉春，新倭日至，地方甚恐。聞狼兵至，人心稍安。賊分眾三千過金山衛，俞大猷遣游擊白泫及瓦氏兵邀之，稍有斬獲。趙文華至松江，因謂狼兵可用，厚犒之。使擊賊至漕涇，遇倭數百人，戰不勝，頭目鍾富、黃維等十四人俱死，失亡甚眾。於是賊知狼兵不足畏，復縱掠如故。
　　倭犯江北淮、揚諸處，前後由通州之餘東場、海門之東夾港登岸，流劫狼山、利河諸鎮，呂四、余西諸場。復突入通州南門，燒民屋二十餘間而去。三丈浦倭賊分掠嘗熟、江陰村鎮，兵備任環督保靖土兵及知縣王秩統兵三千攻其巢，破之。賊奔江陰川沙窪，駕舟出海。官兵縱火焚其巢。賊舟一至戚家墩，游擊白泫、劉恩邀獲之，江陰賊亦出江東遁。
　　五月，張經破倭於王江涇。逮經及巡撫都御史李天寵，俱下詔獄，論死。初，經至浙中，用將佐何卿、沈希儀輩，名位已抗，驕不為用，而新拔士又慓猾不任兵，所征田州兵瓦氏、山東鎗手俱不受律，連戰敗衄，望大損。侍郎趙文華出視師，頤指凌經。經自以大臣位出文華上，文華恚，則連疏劾經，謂：「其才足辦賊，特以閩人避賊讎，故縱賊耳。」帝大怒，會臺諫亦有言者，趣官校逮捕經。時倭寇自柘林犯嘉興，經遣參將盧鏜督狼、土兵水陸攻之，大敗賊於石塘灣。賊北走平望，俞大猷邀擊，奔平望至王江涇，永順宣慰官舍彭翼南攻其前，保靖宣慰使彭藎臣躡其後，遂大敗之。斬首二千級，溺死者稱是。餘眾奔柘林，縱火焚其巢，駕舟二百餘艘出海遁。自有倭患來，此為戰功第一。而文華論經之疏已上矣。捷聞，兵科言：「宜留經平倭以自贖。」不聽，並李天寵、湯克寬俱逮至京，以縱寇論死。文華既疏劾經，奏以巡按御史胡宗憲為僉都御史，代天寵巡撫。而以周珫代經。未幾，復罷珫，以南京戶部侍郎楊宜為總督。
　　倭寇自海洋突犯蘇州，南京都督周於德來援，一戰而敗，鎮撫蘇憲臣被殺。賊中分其眾：一由齊門、撞馬頭而北，轉掠滸墅關、長洲、五都地。一由胥門、木櫝而南，轉掠吳縣、橫鎮，蔓延嘗熟、江陰、無錫之境。出入太湖，莫能禦者。
　　御史屠仲律上言：「宜守平陽港，拒黃花澳，據海門之險，則不得犯溫、臺。塞寧海關，絕湖口灣，遏三江之口，則不得窺寧、紹。扼鱉子門，則不得近杭州。防吳淞江，備劉家河，則不得掩蘇、松、嘉興。責江南守令，以訓練土兵，保全境內為殿最。沿海沙民鹽徒及打生手，宜收錄並力禦賊。」詔從之。
　　川沙窪倭賊犯閘港、周浦，僉事董邦政、游擊周藩擊之，遇賊驚潰，藩被創死。賊屯石塘橋，流劫崑山、石浦。
　　六月，倭寇蘇、常諸縣，嘗熟知縣王秩、江陰知縣錢錞及居鄉參政錢泮各督士民出禦，力屈死之。旋復寇蘇州，民爭入城。門不啟，號呼震野，乘陴者望之而歎。攀援上者，又縋絕而下。任環還自儀真，曰：「奈何坐視之？縱有覘諜，我在無患也。」乃出辟門，令男女以列進，所活蓋數萬人。復率解明道兵出城力戰，賊退入太湖。遣舟師邀之，乃棄所獲逸去。環以功進副使。環復擊賊馬跡山，圍逃倭嘉定民家，投火爇之，盡死。既而環有親喪，詔留之，任事如故。
　　八月，倭賊百餘自上虞爵溪所登岸，犯會稽高埠，奪民居據之。知府劉錫、千戶徐子懿圍之。賊潛縛木筏由東河夜渡，潰圍而出。居鄉御史錢鯨，遭於蟶浦見殺。賊自杭州西掠於潛、昌化，至嚴州淳安。以浙兵迫急，突入歙縣，流劫至南陵，趨太平，操江兵扼之。賊引而東，犯江寧鎮，指揮朱襄率勇士數百人御之。是時賊已至板橋，襄等不知，方袒裼縱酒。突遇，盡為所殲。遂由安德、鳳臺、夾岡沿鄉搶掠，趨秣陵關。時應天府推官羅節卿、指揮徐承宗率兵千人守關，望風奔潰。賊過關而去，自南京出秣陵，流劫溧水、溧陽，趨宜興、無錫，一晝夜奔一百八十里至滸墅關。南直巡撫曹邦輔慮與柘林賊合，且為大患。乃親督兵備王崇古，會集各部兵，扼其東路，四面蹙之，隨地與戰。親召僉事董邦政、指揮樓宇以沙兵助剿，一戰斬首十九級。賊始卻奔吳舍，欲走太湖。覺之，追及於楊家橋，盡殲其眾。賊自紹興高埠流劫杭、嚴、徽、寧、太平，犯南都，六七十人經行數千里，殺傷無慮四五千人，歷八十餘日始滅。邦輔以捷聞，歸功僉事邦政。時趙文華聞寇且滅，欲攘功，急趨赴之。比奏，則邦輔己先之。文華怒，會柘林賊進據陶家港，文華乃悉簡浙兵，得四千人。文華及胡宗憲親將之，營於松江之磚橋。約邦輔以直兵會剿。浙兵分四道，直兵三道，東西並進。賊悉銳衝浙兵，諸營皆潰，損失軍士千餘人。直兵亦陷賊伏中，死者二百餘人，賊勢大張。文華恨邦輔。至是，乃以罪委之，及僉事邦政。詔下邦政總督逮問。既而刑科給事中孫濬言：「後期之罪，不在直兵。今蘇、松士民交稱邦輔實心任事。而流劫留都之倭，又為邦輔所滅，功績顯然。遽請罪斥，文華非是。」兵科給事中夏栻亦言之。上乃申飭文華「秉公視師，以圖大效」。已而邦政及指揮樓宇賞竟不及，文華惡之也。邦輔旋亦謫戌邊，巡按直隸御史張雲路為論奏，不報。
　　十一月，止徵狼、土諸兵。土兵瓦氏等至浙，驕悍不受約束。所過殘掠，百姓苦之。於是總督楊宜力請止徵，從之，命兩廣督臣隨路掣止。
　　閏十一月，給事中孫濬上言：「防倭諸臣既有巡撫、督兵，又有總督及都察重臣，事權不一，牽掣靡定，迄無成功。」兵部覆奏：「諸臣職守：督察主竭忠討寇，實核布聞；總督主征集官兵，指授方略；巡撫主督理軍務，措置糧餉；總兵主設法教練，身親戰陳。至於有司，責在保安地方，固守城隍。」帝然之，命行諸臣，各遵敕諭施行。