十二月，趙文華疏乞還京，許之。文華初奉命至浙，適狼兵瓦氏等至，知倭厚畜，銳意請戰。文華惑之，亟趨張經進戰，不得，則上書痛詆。經被逮，代經者周珫、楊宜皆無遠略，賊勢益熾。及瓦氏戰敗，攻陶宅餘倭，復大衄。始知賊未易圖，有歸志。至是，川兵破周浦賊，俞大猷復有海洋之捷。文華遽言：「水陸成功，請還。」然是時海洋回倭泊浦東、川沙窪舊巢。及嘉定、高橋皆倭據如故。
　　副使任環率永順、保靖土兵剿新場倭寇。時賊眾二千人，皆伏不出，而詐令人舉火於數裡外，若將引去者。上舍彭翅先入嘗之，不見一人。於是頭目田菑、田豐等爭入，伏發，皆死之。賊豕突去。未幾，復攻上海，環以輕兵三百及之，擊敗於五里橋、習家墳。又以兵援崑山，而身間行抵太倉、毛家、葛隆諸屯。賊方會集治攻具，衝梯隊道，肉薄而登。環率死士飛刃砍之，連碎其首，矢石交下，相殺傷甚眾。又縋兵下突而前，賊漸氣奪，遂棄委走。環既居憂哀毀，又積苦兵間，疾作卒。
　　三十五年（丙辰，一五五六）春正月，巡撫御史周如斗參總督楊宜、提督曹邦輔「輕率寡謀，致川兵敗於東溝，苗兵敗於新場，東兵敗於四橋，乞罷黜」。時上深以南寇為憂，疑趙文華言餘寇將滅為不實。屢問大學士嵩，嵩曲為營解，上意終不釋。文華懼，因言：「餘寇指日可滅。督、撫非人，一敗塗地，皆因吏部尚書李默恨臣前歲劾其同鄉張經，思為報復。臣繼論曹邦輔，則嗾給事夏栻、孫濬媒孽臣及胡宗憲，黨留邦輔浙直總督，又不用宗憲而用王誥。然則東南塗炭何時可解？陛下宵旰何時可釋也？」默因得罪，宜削籍為民，邦輔亦被逮。罷王誥，以宗憲為兵部侍郎兼僉都御史。
　　夏四月，倭薄溫州，同知黃釧馳檄出迎擊，被執。倭欲還之，索千金為贖。釧罵之不置，倭怒，磔殺之。江北倭流劫至圌山、山北等港，無為州同知齊恩率舟師迎戰，敗之，斬首百餘級。恩長子尚文，次子嵩，叔仲實，弟寶榮，姪慎、寅、友良、大卿，孫童俱在行間。嵩年十八，驍勇善射，獨前追賊至安港，恩等從之。伏發，恩及其家丁錢鳳等二十一人力戰，皆死之，獨嵩、慎、寅三人得脫。賊遂乘勝至金山，殺鎮江千戶沈宗玉、王世良於江中。
　　倭率眾數千自乍浦入，欲犯杭州。游擊將軍宗禮帥兵九百御之，逆戰於三里橋，分左右翼夾擊，三戰三捷，獲首功七十餘級。賊首徐海等皆辟易，稱為神兵。會橋陷軍潰，禮與鎮撫侯槐、何衡，義官霍貫道力戰，俱陷陣死之。禮驍勇敢戰，所部箭手三千人皆壯士。事聞，贈恤有差。
　　總督胡宗憲奏：「遣生員蔣洲、胡可願使倭砦，傳諭渠魁，令無犯順」。從之。已而可願等還，言「倭渠欲通貢市」。宗憲以聞，下兵部集議，不可，乃止。
　　倭圍巡撫阮鶚於桐鄉。初，鶚督學浙江，開武林門納難民，全活數萬人，超擢巡撫。方倭之寇嘉興也，鶚議主剿，而胡宗憲議主撫，不相能。倭自嘉興轉寇桐鄉，氛益銳，去來實徐海、麻葉領之，陳東附焉。東，薩摩王弟書記也。宗憲謀間之，遣辯士說海。海心動，私語桐鄉守兵曰：「吾已款督府矣。城東門陳黨，善備之。」是夕，海道崇德而西，東方急攻桐鄉。宗憲說海縛麻葉，因偽為麻葉書致東，令圖海，故達海所。東、海中自疑，始解圍去。
　　五月，御史邵惟忠上言：「倭薄通州，圍未解。餘眾自狼山轉掠瀕江諸郡縣。而瓜、儀為留都門戶，鎮、常乃漕運咽喉，不可視為緩圖。宜大集兵，敕諸臣戮力靖亂。」下兵部議，「請調河南睢、陳及山東八衛，陝西延綏兵及徐、沛募兵，敕遣才望大臣一人總督，以為犄角，保障留都」。帝然之。已命兵部侍郎沈良才矣，嚴嵩揣知上覺趙文華欺罔，且見譴，乃令文華自以其意請復視師。嵩為言：「良才不勝任，江南人引領俟文華至。」上乃止良才，命文華以工部尚書兼右副都御史總督浙、福、直隸軍務。文華既至浙，假監督權凌脅百官，搜括庫藏百萬計。兩浙、江、淮、閩、廣所在徵兵集餉，留漕粟，除京帑，給鹺課，迫富民脫兇惡，浪授官職。於是外寇未寧，而內憂益甚。
　　六月，倭入慈溪縣，知縣柳東伯亡。初，王忬在浙，計城各邑未城者，慈溪士人獨持不可。至是，倭眾大至，知縣不知所御，攜印組亡去。殘殺民人無算，而縉紳尤甚，始悔失計。東伯失守，當坐死。以無城可憑，削籍為民。省祭官杜槐與其父文明率兵追敗倭於王家團。海道劉起宗委槐防餘姚、慈溪、定海。未幾，與賊遇於白沙。一日三戰，殺賊三十餘人，斬其一帥，槐被創墜馬死。文明別將兵擊倭於演武場，斬白眉倭帥一，從七，生擒二。倭驚遁，呼為「杜將軍」。已而追至奉化楓樹嶺，以兵少無繼，陷陣死。倭薄海鹽，指揮徐行健、程祿，百戶方存仁逆戰死之。
　　八月，海寇徐海伏誅。初，胡宗憲以簪珥遺徐海侍女翠翹、綠珠，令日夜說海，縛陳東以報朝廷。海且感，而趙文華方治兵擊海，宗憲佯曰：「彼且縛陳東，何戰為？」海果賂薩摩王弟縛東以獻。於是海勢日孤。海自念數有功，又信羅龍文誘，約八月入謁督府於平湖。海先期以數百人冑而入，宗憲、文華、鶚坐堂上，海等叩罪，復謝宗憲。宗憲下堂摩其頂，曰：「朝廷且赦若，慎勿再虞。」厚犒遣之。海既出，知官兵大集，自疑。宗憲使使諭之曰：「官兵防東黨，爾毋恐。」海請居東沈莊，陳東居西沈莊。又令東詐為書遺其黨，曰：「海約官兵夾剿汝矣。」東黨果疑相攻。海令裨將辛五郎歸島，宗憲密遣盧鏜計擒之。文華調兵六千既集，移營薄沈莊。督之急，宗憲猶心憐海不欲遽戰。文華迫之，宗憲乃下令與總兵俞大猷整師前進。海知事變，掘深塹自守，柵數重，官兵望之不敢入。阮鶚檄趨之，大猷乃從海鹽進攻東沈莊，破之。又追擊於梁莊，會大風，縱火，諸軍鼓噪乘之，賊大潰，斬獲一千六百餘級，海倉徨溺水死。引出，斬其首。浙、直海寇平。海，故杭之虎跑寺僧，雄海上，稱「天差平海大將軍」。至是，捷書上，文華皆襲為已有。帝命械繫首惡至京正法。時浙東仙居、浙西桐鄉二寇略平。其分掠海門者，把總張成敗之。江北寇流入常、鎮者，總兵徐珏敗之，蘇、松、寧、紹相繼告捷。兵部奏文華功，帝從之，降敕令文華還京。論平倭功，加文華少保，宗憲右都御史，各任一子錦衣千戶，餘升賞有差。倭俘麻葉、陳東等械繫至京，禮、兵部請獻俘，從之，群臣俱賀。
　　時倭略平，惟舟山賊據險結巢未下，官兵環守之不能克。諸狼、土兵俱已遣歸，而川、貴兵六千人始至。胡宗憲方留防春汛，隸俞大猷經營舟山之賊。會夜大雪，大猷乃督兵四面攻之。賊悉銳出敵，官軍競進。賊敗歸，乃以棕蓑卷火擲之，賊四散潰出，斬首一百四十餘級，餘悉焚死。
　　三十六年（丁巳，一五五七）冬十一月，海寇汪直伏誅。徐海等既死，汪直復糾眾三千餘入寧波岑港，大掠四境。汪直，徽人也。宗憲亦徽人，乃以金帛厚賂誘之，云：「若降，吾以若為都督。」置海上通互市，乃迎直母與其子入杭厚撫之。而奏遣生員蔣洲往諭，與之盟。直信之，遂自奮言：「能肅清海波，贖死命。」與其黨毛海峰、葉碧川等從蔣洲來杭州。洲至，而直未至，人疑其詐。巡按週斯盛請罷貢罪洲，於是逮洲獄，洲乃陳諭倭始末，及言「直以誠來，其未至，必風阻耳」。已而直果乘巨舟，遣頭目數十人隨來，泊舟定海。蓋初舟實為颶風所損也。宗憲使人招直，直願見洲，洲方對理。疑其觖望不遣，遣千戶夏正質其舟。直素與正善，不疑。遂詣軍門請罪，具言自效狀。宗憲待以賓禮，使指揮為其館主，給輿夫出入，復出蔬米酒肉供饋其舟人，日費數百金，且交質為信。因具狀聞，請赦之。科臣王國禎力持不可。疏入，上謂「直元凶不可赦」。宗憲乃密檄按察司收直等斬之。論平倭功，加宗憲太子太保，餘皆遷賞。然直雖就誅，而三千人皆直死士無所歸，益恚恨，復大亂。
　　三十七年（戊午，一五五八）春二月，倭犯潮州之鮀浦，攻蓬州千戶所。僉事萬仲分部水陸兵馬，東西哨攻之。臨敵而哨兵皆潰，領哨千戶魏岳、高洪俱死。尋犯福州，巡撫阮鶚不能禦，取庫銀數萬兩賂之。以新造大舟六艘，俾載而去。
　　夏四月，倭掠臺州臨海之三石鎮，約數千人，總督胡宗憲擊走之。倭攻福清，破之，執知縣葉宗文。舉人陳見率家僮禦賊不克，與訓導鄔中涵俱罵賊死。
　　五月，自海口出港，參將尹鳳引舟師擊之，沈其舟七，斬首六十餘級，生擒七人，餘眾遯去。鳳追擊東洛外洋，復敗之，銃傷及溺水死者甚眾，福、興患少熄。
　　倭攻惠安，知縣林咸乘城御之，攻五晝夜不克，丁壯死者數百人。倭亦失亡相當，乃引去。咸率兵擊倭鴨山，乘勝追奔，陷伏中死之。倭分犯同安、長樂、漳、泉諸處。
　　秋七月，以浙江岑港海寇未平，詔奪總兵俞大猷、參將戚繼光職，期一月蕩平，命胡宗憲督之。初，宗憲遣毛海峰誘降汪直，直至，下獄，海峰遂與倭目善妙等五百餘人燒船登岸，列柵舟山，阻岑港而守。官軍四面圍之，屢斬獲。然海中數苦毒霧，賊憑高死鬥，先登者多陷沒，新倭復大至。冬十月，岑港倭移巢柯梅，胡宗憲屢督兵討之，不能克。
　　兵備副使谷嶠捍禦海上，屢破倭。制府以捷聞，進山東參政。
　　三十八年（己未，一五五九）春三月，倭寇自象山河金、纜井諸處焚舟登岸，海道副使譚綸與賊戰於馬岡，敗之，斬首七十級。
　　總督胡宗憲上言：「舟山殘孽，移住柯梅，即共焚巢夜徙，力已窮蹙，勢易成擒。而總兵俞大猷、參將黎鵬舉邀擊不力，縱之南奔，播害閩、廣，宜加重治。」上命逮大猷、鵬舉至京訊治。時人言籍籍，謂倭之開洋也，宗憲實陰遣之。倭南行泊浯嶼，焚掠君民。由是福建人大噪，謂宗憲嫁禍。御史李瑚數其三大罪。瑚與大猷俱福建人。宗憲疑大猷漏言，故委罪以自掩。而大猷不善滑刺，素不為嚴世蕃所喜，故有是逮。廷臣惜大猷才，共假貸得三千金，饋世蕃，不死，罷職，發大同立功。
　　夏四月，江北倭趨通州，總兵鄧城御之不利，指揮張谷被殺。倭進據白蒲鎮，兵備副使劉景韶以游擊丘升擊白蒲倭於丁堰、如臯、海安，三戰三捷。賊謀犯揚州，景韶復督升等以火攻其老營，擊敗之，焚死二百人。賊逸入潘家莊，盡銳攻之，先後斬首三百餘級。初，賊自南沙登岸犯通州，至是剿絕。廟灣倭合眾攻淮安，參將曹克新御之，戰於姚家蕩，自寅至申，大敗之，斬首四百七十級。賊遁入姚莊，縱火焚莊，死者二百七十餘，賊退入廟灣拒守。劉景韶督兵擊倭於印莊，斬首四十級。賊西走，次日復戰於新州，賊遁入民家，我兵以火攻之，凡再戰，斬首二百六十級，賊悉焚死，無一人脫者。時江北流倭悉殄，惟廟灣據險固守不出。
　　五月，江北兵攻倭於廟灣，衝其巢，斬首四千。我兵死傷過當，復退守之。時賊營甚固，巡撫李遂以我軍鼓戰而疲，宜圍守之。賊乏食，且水陸斷其行道，可收全勝。通政唐順之以為玩寇，乃自擐甲持矛麾兵以進。屢挑戰，賊終不出。遂督兵入險，賊盡銳東西衝，殺傷相當。自是復稍稍出掠，覓舟為走計矣。順之知失計，乃駕言經略三沙倭南去。踰月，倭困廟灣既久，劉景韶督卒填壕塹逼壘而陣。令水兵載葦焚其舟，復水陸進擊。倭潛遁入舟，官兵進據其巢，追奔至瑕子港，斬獲頗多。餘倭無幾，不復能戰，乘風開洋而去。
　　福建新倭大至，多齎攻具。先攻福寧、連江、羅源，流劫各鄉。進攻福州不克，移攻福安破之。參將黎鵬舉以舟師擊倭於海中七星山、屏風嶼，斬首六十七級，生擒六十八人。時沿海長樂、福清等境皆有倭舟，廣東流倭往來詔安、漳、浦間。浙江舟山倭移舟南來者，尚屯浯嶼。福州、漳、泉無地非倭矣。舟山倭屯浯嶼經年，至是乃開洋去。其毛海峰者，復移眾南岙，建屋而居。永、福倭移舟出梅花洋，參將尹鳳擊敗之。巡按樊獻科請趨胡宗憲應援，未及行，巡撫阮鶚往剿之，倭稍創。
　　六月，倭眾別部二十餘艘屯崇明三沙，總督胡宗憲檄總兵盧鏜帥師攻破之。前後斬首百餘，遁去。宗憲以捷聞，兼言唐順之贊畫功，擢僉都御史。
　　秋七月，三沙倭突犯江北，由海門縣七星港登岸，流劫過金沙、西亭，將犯揚州。參將丘升御之，戰於鄧家莊。賊敗走仲家園，復追至鍋團。升輕騎先進，賊覘無後繼，盡銳來衝，升馬蹷被殺。已而官軍大至，賊遁。
　　八月，倭自鄧家莊敗後，沿海覓舟不得，官軍尾之於劉家橋、白駒沙諸處。倭餒甚，奔劉家莊，我兵圍之。時劉顯兵至先登，各營繼進，縱火衝擊，破其巢，斬首二百餘。賊奔白駒場，追擊，又敗之於七灶莊、花墩，共斬首四百餘，賊盡殄焉。顯驍勇敢戰，江北軍悉屬顯節制，故有功。
　　三十九年（庚申，一五六０）春二月，倭寇六千餘人流劫潮州等處。時浙直倭患稍息，而閩、廣警報日至。
　　五月，加胡宗憲兵部尚書兼右副都御史。
　　四十一年（壬戌，一五六二）春三月，泉州指揮歐陽深率兵擊倭，破之，生擒江一峰，泉寇稍寧。倭陷福建永寧衛，大掠數日而去。復攻永寧城，破之，大殺城中軍民，焚毀幾盡。冬十一月，逮總督、兵部尚書胡宗憲，削籍，從給事中陸鳳儀之言也。獄具，罷浙閩總督大臣，設右僉都御史巡撫其地。
　　四十二年（癸亥，一五六三）五月，復逮胡宗憲詣京，宗憲自殺。是時大計京官，復有言宗憲未盡法者，有旨逮治，宗憲至京自殺。宗憲在浙中與趙文華同事，文華選不敢前，宗憲輒自臨陣，戎服立矢石間督戰。方倭圍杭時，宗憲親登城臨視，俯身堞外，三司皆股栗，懼為流矢所加，宗憲恬然視之。殲徐海、汪直皆有功。然稍稍事文華，又握權太重，勛臣總兵者由掖門通謁庭拜，巡撫悉聽節制，如三邊例。宗憲才得展，而禍機亦萌此矣。上好玄修，宗憲進白鹿稱賀，大學士嵩比之。會嵩敗被逮時，歸安茅坤上書頌其冤。
　　冬十月，倭犯福建。其自浙之溫州來者，合福建連江賊登岸，攻陷壽寧、政和、寧德等縣；自廣之南岙來者，合福清、長樂賊攻陷玄鍾所，蔓延及於龍岩、松溪、大田、古田之境，無非賊者。初，浙江參將戚繼光既連破賊於林墩等處，閩之宿寇盡平。繼光引兵還浙，遇倭自福清東營岙登岸。麾兵擊之，斬首百八十級，遂行。而倭至者日眾，始犯邵武，殺指揮齊天祥。轉掠羅源、連江，殺游擊倪祿。遂攻玄鍾所城及寧德縣，入之。乘勝直抵興化府城，不克，乃合兵薄城下，圍之且匝月。巡撫游震得以狀聞，請「調義烏兵，以繼光統之。起丁憂參政譚綸，與都督劉顯、總兵俞大猷協力共濟」。上從之。