九月，朝鮮國王李昖疏請許貢保國。上乃切責群臣阻撓封貢，追褫御史郭實等，詔小西飛入朝。時改總督侍郎孫礦新受事，倭使抵京，石星優遇如王公。小西飛等殊揚揚，過闕不下。既集多官面譯，要以三事：一、勒倭盡歸巢；一、既封不與貢；一、誓無犯朝鮮。倭俱聽從，以聞。上復諭於左闕，語加周復，大略如樞部意。
　　十二月，封議定，命臨淮侯李宗城充正使，以都指揮楊方亨副之，同沈惟敬往日本。時禮部議：「日本舊有王，未知存亡。關白或另擬二字，或即以所居島封之。行長以下，量授指揮銜。」上竟准日本王號，給金印。行長授都督僉事。適諜報熊川島倭船三十六號，業起行歸，石星遂謂封事必可成矣。
　　二十三年（乙未，一五九五）春正月，遼東都御史李化龍疏倭六可疑、五可慮，謂：「倭不識漢字，恐中間兩相欺紿，請從禮部量封秀吉順化王。罷遣沈惟敬，增募水兵。而清正素不服關白，與行長不相能，可用魯連諭燕將計間之。」時封使已發，竟不從。
　　二十四年（丙申，一五九六）春正月，先是，東封之使，久懷觀望。至是，始抵釜山。而沈惟敬詭云演禮，同行長先渡海，私奉秀吉蟒玉、翼善冠及地圖、《武經》。又驅壯馬三百南戈崖，騎從陰獻秀吉，取阿里馬女，與倭合。李宗城紈絝子，經行之營，所在索貨無厭。次對馬島，太守儀智夜飾美女二三人，更番納行帷中，宗城安之。倭酋數請渡海，不允。儀智妻，行長女也。宗城聞其美，並欲淫之。智怒，不許。適謝周梓姪隆與宗城爭道，宗城欲殺之。隆誅其左右，以倭將行刺，宗城懼，棄璽書夜遁。比明失路，自縊於樹，追者解之，遂奔慶州。副使楊方亨聞於朝。上震怒，逮問宗城，議戰守。會方亨復揭倭情無變，正使自為奸人誤耳。上以方亨充使，加惟敬神機營銜副之。廷臣交章請罷封。上切責，下御史曹學程於理，立限渡海。於是惟敬益舞智揣摩，玩大司馬股掌矣。
　　三月，工部郎中嶽元聲參石星，力主封事有三辱、四恥、五恨、五難。疏入，謫為民。
　　九月，楊方亨、沈惟敬奉冊如日本。平秀吉齋沐三日，郊迎節使，受封，行五拜、三叩頭、山呼禮。禮畢，款使者備至。朝鮮王議遣光海君致賀。己而聽嬖臣李德馨言，使州判奉白土紬為賀。秀吉怒，語惟敬曰：「若不思二子、三大臣、三都、八道，悉遵天朝約付還。今以卑官微物來賀，辱小邦耶？辱天朝耶？」惟敬慰諭之。秀吉曰：「今留石曼子兵於彼，候天子處分，然後撤還。」翼日，具貨物數百種，奉貢遣使，齎表文二通，隨冊使渡海。至朝鮮，廷議遣使於朝鮮取表文進驗。其一謝恩，其一乞天子處分朝鮮。廷議以為飾說云。
　　二十五年（丁酉，一五九七）春正月，石星請自往朝鮮諭兩國就盟罷兵。不許。
　　二月，再議東征。時封事已壞，而楊方亨詭報「去年從釜山渡海，倭於大版受封，即回和泉州」。然倭責朝鮮三子不往，謝禮又微，仍留釜山如故。謝表後時不發，方亨徒手歸。至是，沈惟敬始投表文，案驗潦草，前折用豐臣圖書，不奉正朔，無人臣禮。而寬奠副總兵馬楝報「清正等擁二百艘，屯機張營」，方亨始直吐本末，委罪惟敬，並石星前後手書，進呈御覽。上大怒，命逮石星、惟敬按問。以兵部尚書邢玠總督薊遼。改麻貴為備倭大將軍，經理朝鮮。僉都御史楊鎬駐天津，申警備。楊汝南、丁應泰贊畫軍前。
　　五月，邢玠至遼。行長建樓，清正布種，島倭窖水，索朝鮮地圖，玠遂決意用兵。麻貴望鴨綠東發，所統兵僅萬七千人，請濟師。玠以朝鮮兵惟閒水戰，乃疏請募兵川、浙，並調薊、遼、宣、大、山，陝兵及福建、吳淞水兵，劉綎督川、漢兵六千七百聽剿。貴密報候宣、大兵到，乘倭未備，竟掩釜山，則行長擒，清正走。玠以為奇計，乃檄楊元屯南原，吳惟忠屯忠州。
　　大學士張位請屯田開城、平壤，以資軍興。朝鮮恐中國吞並，以磽确為辭，議遂寢。
　　六月，倭數千艘先後渡海，分泊釜山、加德、安骨、安窟，放丸如雨，殲朝鮮郡守安弘國。已復往來竹島，漸逼梁山、熊川。沈惟敬率營兵二百，出入釜山。經略邢玠陽為慰藉，檄楊元襲執之，縛至貴營。惟敬執而倭嚮導始絕。
　　七月，倭奪梁山、三浪，遂入慶州，侵閒山。夜襲恭山島，統制元均風靡，遂失閒山要害。閒山島在朝鮮西海口，右障南原，為全羅外藩。一失守則沿海無備，天津、登萊皆可揚帆而至。而我水兵三千，甫抵旅順。閒山破，經略檄守王京西之漢江、大同江，扼倭西下，兼防運道。
　　八月，清正圍南原，乘夜猝攻。守將楊元聞倭至，驚起帳中，乘城跣足而遁。遼人衛楊元西奔，時全州有陳愚衷，忠州有吳惟忠各扼要。而全州去南原僅百里，相犄角。南原告急，愚衷懦不發兵。聞已破，州民爭棄城走。麻貴急遣游擊牛伯英赴援，與愚衷合兵屯公州。倭遂犯全羅，逼王京。王京為朝鮮八道之中，東隘為鳥嶺、忠州，西隘為南原、全州，道相通。自二城失，東西皆倭，我兵單弱，因退守王京，依險漢江。麻貴請於玠，欲棄王京，退守鴨綠江。海防使蕭應宮以為不可，自平壤兼程趨王京止之。麻貴發兵守稷山，朝鮮亦調都體察使李元翼由鳥嶺出忠清道，遮賊鋒。玠既身赴王京，人心始定。玠召參軍李應試問計，應試請問朝廷主畫云何？玠曰：「陽戰陰和，陽剿陰撫。政府八字密畫，無泄也。」應試曰：「然則易耳。倭叛，以處分絕望，其不敢殺楊元，猶望處分也。直使人諭之曰『沈惟敬不死』，則退矣。」因請使李大諫於行長、馮仲纓於清正，玠從之。
　　下石星於法司，並沈惟敬俱坐大辟。
　　九月，倭至漢江，楊鎬遣張貞明持惟敬手書，往責其動兵，有乖靜俟處分之實。行長、正成亦尤清正輕舉，乃退屯井邑，離王京六百里。清正亦屯退慶尚，離王京四百里。貞明反至中途，為人所刺死。麻貴遂報青山、稷山大捷。蕭應宮具揭上曰：「倭以惟敬手書而退，青山、稷山並未接戰，何得言功！」玠、鎬怒，遂劾應宮恇怯，不親解惟敬。並逮。
　　十一月，總督邢玠徵兵大集。上發帑金犒軍，並賜玠尚方劍，而以御史陳效監其軍。玠大會諸將，分三協，左李如梅，右李芳春，中高策，並以副總兵分將。經理楊鎬同麻貴率左右協，自忠州鳥嶺向東安趨慶州，專攻清正。使李大諫通行長，約勿往援。復遣中協屯宜城，東援慶州，西扼全羅。以餘兵會朝鮮，合營由天安、全州、南原而下，大張旗幟，詐攻順天等處，以牽制行長東援。
　　十二月，會慶州。麻貴遣黃應暘賄清正約和，而率大兵奄至其營。時倭屯尉山，尉山之南島山俱不甚高，而城皆依山險，中一江通釜寨，其陸路由彥陽通釜山。貴欲專攻尉山，恐釜倭由彥陽來援，令中協高重、吳惟忠等扼梁山，左協董正誼等赴南原，張疑兵，又遣右協盧繼忠兵二千，屯西江口防水路援。
　　二十三日，乃進攻尉山，游擊擺寨以輕騎誘倭入伏，獲級四百餘。倭盡奔島山，於前連築三寨。翼日，游擊茅國器統浙兵先登，連破之，獲級六百六十一。倭堅壁不出。方力攻山寨時，裨將陳寅身先士卒，冒彈矢勇呼而上，砍柵兩重。清正白袍躍馬，督倭拒守。至其第三柵垂拔，楊鎬遽令國器竊割倭級，戰稍解。國器復以李如梅未至，不便首功，遂鳴金收軍。詰朝如梅至，攻之不拔。島山視尉山高，石城新築，堅甚，我師仰攻多損傷。諸將乃議曰：「倭艱水道，餉難繼。第坐困之，清正可不戰縛也。」鎬等以為然，分兵圍十日夜。倭用炮者，從隙發，多命中，彈皆碎鐵為之，中多疊傷。然倭亦饑甚，瞰我師稍怠，偽約降緩攻，而冀行長來援。行長亦慮我襲釜營，不敢輕進。乃選銳卒三千，虛張幟蔽江上。朝鮮將李德馨訛報海上倭船揚帆而來，鎬不及下令，策馬西奔。諸軍無統御，皆潰。清正縱兵逐北，軍士死者萬餘，游擊盧繼忠三千人殲焉。鎬、貴奔星州，撤兵還王京，會同邢玠露布，言尉山大捷。諸營上簿書，士卒亡者二萬。鎬大怒，駁正，止稱百餘人。贊畫丁應太聞尉山之敗，慚惋詣鎬問後計。鎬示以內閣張位、沈一貫手書，並所票未下旨，揚揚功伐，應泰怒，驗進退情實，首論位、一貫交結邊臣，扶同欺蔽，鎬附勢煽禍，飾罪張功，及麻貴、李如梅按律悉當斬。並鎬駁改陣亡兵馬卷冊封進。上覽之，震怒，欲付法。輔臣趙志臯力救，乃罷鎬聽勘。因遣給事中徐觀瀾查勘東征軍務。上怒，張位以其密揭薦鎬，削籍為民。以天津巡撫萬世德代楊鎬經理遼左。
　　二十六年（戊戌，一五九八）春正月，總督邢玠以前役乏水兵無功，乃益募江南水兵，精講海運，為持久計。
　　二月，都督陳璘以廣兵，劉綎以川兵，鄧子龍以浙、直兵先後至。邢玠分兵三協為水陸四路，路置大將。中路李如梅，東路麻貴，西路劉綎，水路陳璘，各守信地，相機行剿。時倭盤據朝鮮七年，沒海千餘里，亦分三窟。東路則清正據尉山，自去冬攻圍，益增築西生、機張，在在屯兵，而恃釜山為根本。西路則行長據粟林、曳橋，建砦數重，憑順天城，與南海營相望，負山襟水，最據扼塞。中路則石曼子據泗洲，北恃晉江，南通大海，為東西聲援。薩摩州兵剽悍稱勁敵，而行長水師番休濟餉，往來如駛，尤倭係重。玠懲島山之失，特於三路外，置水兵一路，約日並進。尋報遼陽警，李如松敗沒，詔李如梅還赴之。中路以董一元代。
　　九月，東征將士分道進兵。劉綎進逼行長營，使吳宗道約行長為好會，行長許以五十人往。綎喜，分佈諸將，四面設伏。令部將詐為綎，而綎詐為卒，執壺觴侍。令軍中曰：「視吾出帳，即放炮圍倭，盡殲之。」翼日，行長果率五十騎來。偽綎罄折，迎於帳外。及席，行長顧執壺觴者曰：「此人殊有福。」綎驚愕，置壺觴出。司旗鼓者遽傳炮。行長騰躍上馬，從騎一字雁列，風剪電掣，旋轉格殺。游擊王之翰急率黔、苗兵來援，倭已奪路而去。明日，行長遣人謝宴，綎亦遣官謝，謂昨登席放炮，敬客禮也，悞生疑心。行長唯唯，遣使遺綎以巾幗。綎進攻城，奪其橋，斬首九十二。陳璘舟師協堵，擊毀倭船百餘。行長潛山千餘騎扼之，綎不利退，璘亦棄舟走。麻貴至尉山，據險割其糧稻，頗有斬獲。倭偽退誘之，貴入其空壘，伏兵起，旗幟蔽空，遂敗。董一元進取晉州，乘勝渡江南，連毀永春、昆陽二寨。倭退保泗州老營，鏖戰下之，游擊盧得功歿於陣。前逼新寨，寨三面臨江，一面通陸，引海為濠，海艘泊寨下千計，築金海、固城為左右翼，中通東陽倉。
　　十月，董一元遣步兵游擊茅國器、彭信古、葉邦榮前攻城，騎兵游擊郝三聘、馬呈文、師道立、柴登科繼之。游擊藍方威攻其東北水門，自辰至未，彭信古用火橫擊寨門，碎城垛數處，步兵競前拔柵。忽營中橫破，火藥發，煙漲天。倭乘勢衝殺，固城援倭亦至，郝三聘，馬呈文率騎兵先走，遂大潰，奔還晉州。勘科徐觀瀾奏四路喪敗，旨下部，斬馬呈文、郝三聘以徇，一元等各帶罪立功。初，上見丁應泰疏，謂：「御極二十六年，未見忠直如此人者。」書其名於御屏。沈一貫懼。會玉熙宮宦侍演東征劇，熒惑聖聽。上為之霽顏，復召一貫入閣。
　　福建都御史金學曾報平秀吉七月九日死，各倭俱有歸意。
　　十一月十七夜，清正發舟先走，麻貴遂入島山、酉浦，劉綎攻奪曳橋，獲級百六十。石曼子引舟師救行長，陳璘統蒼唬船邀擊之，得級二百二十四。副將鄧子龍、朝鮮統制使李舜臣衝鋒，沒於陣。子龍，驍將也。諸倭揚帆盡歸。經略萬世德自六月受命，不敢前。比聞倭退，兼程馳至，會同邢玠奏捷。督學御史李堯民知之，因告廟獻俘，上言諸臣欺誤狀。上艴然抵疏於幾而罷。丁應泰亦再疏賂倭賣國。上念將士久勞苦，仍發冏金十萬兩犒師，特諭優敘。勘科徐觀瀾抗疏論沈一貫、蕭大亨、邢玠、萬世德黨和賣國。疏至京，戶部侍郎張養蒙尼之，不得上。時觀瀾方駐遼造冊，身歷釜山、尉山、忠州、星州、南原、稷山，查獲各處敗狀，據實入冊。大亨危之。一貫簡觀瀾前疏有抱病語，票准回籍調理，改命給事中楊應文代完勘事。
　　二十七年（己亥，一五九九）四月，征倭告捷，上御門受俘。梟磔平秀政、平正成，傳首九邊。總督邢玠劾贊畫主事丁應泰，落職。
　　七月，給事中楊應文勘報東征功次，四路擒斬，首陳璘，次劉綎，又次麻貴。而董一元始破三寨，終掃諸巢，功亦難泯。晉邢玠太子太保，陰一子錦衣世襲。萬世德升右副都御史，蔭一子入監。陳璘、劉綎各加都督同知，麻貴右都督，董一元復職。再敘稷、尉功，賜茅國器、陳寅、彭友德等金。楊鎬以原官敘用。御史陳效病死，蔭一子錦衣。棄師楊元、通倭沈惟敬先後棄市。
　　谷應泰曰：
　　關白本薩摩州人，倭部之稍黠者耳，非有奇才異能，武勇絕藝。特以李昖縱酒，朝鮮備弛，遂狡焉啟疆，思有吞噬之舉。方其陷王京，劫世子，剽府庫，毀墳墓，八道盡沒，進窺鴨綠，勢岌岌矣。而請援之使，絡繹於路。救邢救衛，《春秋》之義也。況乎勢拱神京，地牽關海，薊、遼之外藩，東江之咽噎，一或失守，重險撤焉。非如應龍之反播州，倮玀之陷西川，荒徼弄兵，有傷國體而已。然予以援之之法有三：命武健之將，選精銳之師，出其不意，急擊勿失，如陳湯、甘延壽之於康居，策之上也。其或因糧於敵，分兵斷道，坐而困之，窮蹙自斃，如趙充國之於金城，策之次也。又或始則震以兵威，繼則結以恩義，開誠布信，堅明約束，如諸葛武侯之於孟獲，策之又次也。乃剿既不足以樹威，而撫又不能以著信，臨事周張，首尾衡決，不可謂非行間之乏謀，而中樞之失算矣。
　　方李如松平壤大捷，李如柏進拓開城，四道復平，三倭生縶，廓清之功，可旦夕竢。而乃碧蹄輕進，兵氣破傷，功虧一簣，良足悼也。又若麻貴尉山之捷，三協度師，勢相犄角，砍柵拔寨，鋒銳莫當。而割級之令，解散軍威，僉都之肉，豈足食乎！況於沈惟敬以市井而銜皇命，李宗城以淫貪而充正使，以至風月候節之紿，壺觴好會之詐，邢玠飛捷之書，楊鎬冒功之舉，罔上行私，損威失重。煌煌天朝，舉動如此，毋怪荒裔之不賓也。
　　向非關白貫惡病亡，諸倭揚帆解散，則七年之間，喪師十餘萬，糜金數千鎰，善後之策，茫無津涯，律之國憲，其何以辭！而乃貪天之功，幸邀爵賞，衣緋橫玉，任子贈官，不亦恧乎！乃馬棟、丁應泰太之疏能直伸於關白未死之前，而李堯民之章反見抵於關白已死之後者，蓋以用兵之初，神宗怒白甚銳，怒則望其速濟，故必欲核其真。用兵之久，神宗憂白漸深，憂則幸其成功，故不欲明其偽。卒之忠言者落職，欺君者封爵，而所遭逢異矣。