六月，楚王劾宗人疏亦至。事下部。禮部右侍郎郭正域曰：「王奏華走氐事易竟。華走氐奏王非恭王子，亂皇家世系，事難竟。楚王襲封二十年，何至今始發？而又發於女子骨肉之間？王論華走氐一人，而二十九人同攻王。果有真見，出真情否？王假，則華走氐當別論；王真，則華走氐罪不勝誅。」沈一貫以親王不當勘，但當體訪。正域曰：「正域江夏人，一有偏徇，禍且不測。非勘則楚王跡不白，各宗罪不定。王跡勘，各宗罪，不勘，人於何服！」時正域右宗人，而輔臣沈鯉又右正域。戶部尚書趙世卿、倉場尚書謝傑、祭酒黃汝良皆謂王非假。一時閣、部互相齟齬。給事中姚文蔚劾郭正域故王護衛中人，修怨謀陷王。都察院右都御史溫純劾御史於永清、給事姚文蔚，刺及沈一貫。
　　九月己巳，刑科都給事中楊應文、給事中錢夢臯各劾郭正域，夢臯並及次輔沈鯉。俱不報。上卒以王為真，而正域罷去。尋楚府東安王英燧、武岡王華增、江夏王華暄等，請復勘假王，不聽。時票楚事皆朱賡，二沈引嫌不出。
　　十一月，妖書事起，沈一貫疑郭正域為之。錢夢臯遂直指正域，且及輔臣沈鯉。陝西道御史康丕揚將例轉，內監賈忠貞語丕揚，乘妖書可免，丕揚遂起而佐之。後歸獄皦生光，得解。
　　三十三年（乙巳，一六０五）春正月，考察京官。時主察，當屬吏部左侍郎楊時喬，輔臣沈一貫憚其方嚴，請以兵部尚書蕭大亨主筆。疏上，上以時喬廉直，竟屬之。時喬與都御史溫純力持公道，疏上，留中。
　　三月辛巳，吏部趨計疏，中旨留被察給事中錢夢臯、御史錢一鯨等。復論：「京察科、道，不稱職者甚眾，豈皆不肖？必有私意。朕不得無疑。」蓋以一貫私人被詰責也。時喬、純言：「察處科、道，萬曆二十一年科七人，道七人。二十七年，科五人，道九人。今議處科四人，道七人，皆參眾矢公。而聖諭嚴切，臣等無狀，宜罷。」上不問。南京總督糧儲尚書王基以拾遺自辨，上特留之。
　　夏四月，刑科給事中錢夢臯復論楚事，請削前侍郎郭正域籍，並言左都御史溫純黨庇。工科給事中鍾兆斗例轉，亦誣奏純。純乞休。大理少卿徐宗濬、吏部都給事中侯慶遠、御史孔貞一等皆論夢臯違禁妄辨，吏部左侍郎楊時喬亦言之。俱不報。
　　五月，侯補職方郎中劉元珍劾「沈一貫偏置私人，蒙上箝下。錢夢臯妄奏求容，士林不齒」。一貫、夢臯皆疏辨。夢臯謂元珍為溫純鷹犬。降一級，調極邊。
　　六月，吏部員外郎賀燦然言：「被察科、道，與溫純皆當去。」南京吏科給事中陳良訓，御史蕭如松、朱吾弼，各論王基、錢夢臯、鍾兆斗必不可留，沈一貫結近侍，陽施陰設。
　　秋七月，兵部主事龐時雍直攻沈一貫欺罔誤國。於是太子太保都察院左都御史溫純致仕，錢夢臯、鍾兆斗各避疾，京察始得奏。尋謫賀燦然、龐時雍，奪朱吾弼俸，拾遺南京戶部尚書王基免。時有布衣在一貫坐，夢臯戲之曰：「昔之山人，山中之人。今之山人，山外之人。」布衣應聲曰：「昔之給事，給黃門事。今之給事，給相門事。」識者噱之。
　　三十四年（丙午，一六０六）夏六月，吏科給事中陳良訓、御史孫居相劾沈一貫奸貪。大學士沈一貫、沈鯉並致仕。一貫連歲乞休，疏八十上，始允。鯉居位四載，嘗列天戒民窮十事，書之於牌，每入閣，則拜祝之。或讒鯉為咀咒，上命取觀之，曰：「此非咀咒語也。」妖書事起，危甚，賴上知其心，得無恙。及放歸，得旨不如一貫之優。各賜金幣，鯉半之。出都日，猶有讒其衣紅袍閱邊者，中官陳矩為解乃已。孫居相奪歲俸，陳良訓鎸三級調外。
　　三十五年（丁未，一六０七）五月，以禮部左侍郎李廷機、南京禮部右侍郎葉向高為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。又諭朱賡召舊輔王錫爵。時顧憲成移書向高言：「近日輔相，以模稜為工，賢否圂淆。」引張禹、胡廣為戒。廷機故出沈一貫門，人多疑之。給事中王元翰、胡忻、曹於汴、宋一韓，御史陳宗契等，交章劾廷機。廷機故清介，而攻之者詆為輦金奧援，御史葉永盛極辨之。廷機伏闕辭，不允。上下旨切責元瀚等。
　　秋七月，總督漕運李三才請補大僚，選科、道，用廢棄。其論廢棄曰：「諸臣祗以議論意見一觸當路，永棄不收，總之於皇上無忤。今乃假主威以錮諸臣，又借忤主之名以飾主過。負國負君，莫此為甚。」參政姜士昌齎表入京，奏別遺奸，錄遺逸。遺奸指王錫爵、沈一貫。朱賡又曰：「古今稱廉相，必稱唐楊綰、杜黃裳。然二賢皆推賢好士，惟恐不及。而王安石用之，驅逐諸賢，竟以禍宋。」時李廷機有清名，故士昌規及之。賡、廷機上疏辨，降士昌廣西僉事。御史宋燾論救，謫平定州判，加謫士昌興安典史。
　　三十六年（戊申，一六０八）五月，禮部主事鄭振光劾輔臣朱賡、李廷機大罪十有二，指一貫、賡、廷機為過去、現在、未來三身，佈置接受，從風而靡。上以其誣詆，謫普安州判。
　　九月，先是，王錫爵辭召，手疏言：「皇上於章奏一概留中，特鄙棄之，如禽鳥之音不以入耳，然下以此愈囂。臣謂君父至尊，必自立於無過之地。請幡然降旨，盡除關稅，召還內差，散內庫之有餘，濟邊儲之不足，天下必歡呼踴躍，以頌聖德。留中章疏，亦自有緩急。如推補九卿，以吏部、都察院為先，庶官以科、道為急。科、道考選久停，與其故裁抑，留不肖，以塞賢者之途，孰若稍疏通，簡新進，以決舊日之壅。此今日攬權上策也。」時疏甚密，而都御史李三才鉤得之，泄言於眾，謂錫爵以臺、省為禽獸。於是南京戶科給事中段然首論錫爵與朱賡密揭，擅權亂政。不報。起孫丕揚太子少保、吏部尚書。
　　十月壬戌，起吏部文選郎中顧憲成為南京光祿少卿，辭不至。丙寅，工科給事中何士晉劾錦衣衛左都督王之楨為輔臣爪牙心腹，亟宜顯斥。禮科給事中張鳳采、刑科都給事中蕭近高、給事中張國儒交章糾王錫爵、朱賡。國儒言：「臺、省五十餘人，共糾朱賡奸狀，而尚書趙世卿曲媚之。」俱不報。
　　十一月壬子，朱賡卒於官。賡性淳謹，同鄉沈一貫當國，善調護，故妖書、楚獄，其禍不蔓。賡卒，廷機當首揆，言路益攻之。廷機決計不出，葉向高獨相，而攻廷機者未已也，遂移居演象所之尊武廟。乞放，凡五年，至萬曆四十年，始得請。寒暑閉門無履跡。
　　三十七年（己酉，一六０九）春二月丙寅，御史鄭繼芳劾工科右給事中王元翰貪婪不法。元翰亦奏辨，繼芳為王錫爵、申時行吐氣。初，給事中王紹徽善湯賓尹，營入閣甚急，嘗語元翰曰：「公語言妙天下，即一札揚湯君，湯君且為公死，世間如湯君可恃也。」元翰辭焉。紹徽銜之，因嗾繼芳摭元翰。
　　夏四月，吏科糾擅去諸臣。初，工科給事中孫善繼拜疏竟去，劉道隆繼之，王元翰、顧天峻、李騰芳、陳治則各先後去。命削善繼籍，道隆等各降秩。時南北科、道互相攻詆，至不可問。戶科給事劉文炳請召鄒元標。不報。
　　十二月乙丑，工部主事邵輔忠論：「總督漕運李三才，結黨遍天下。前圖枚卜，今圖總憲。四岳薦鯀，漢臣諛莽，天下之大可憂也。」時三才需次內臺，輔忠首劾之，繼以御史徐兆魁，三才奏辨。工科給事中馬從龍，御史董兆舒、彭端吾，南京工科給事中金在衡，交章為三才辨。俱不報。三才負才名，初為山東藩臬有聲，民歌思之。撫淮十年，方稅璫橫甚，獨能捕其爪牙，以尺棰斃大盜。三才多取多與，收采物情，用財如流水。顧憲成之左右，譽言日至，憲成信之，亦為游揚。三才嘗晏憲成，止蔬三四色。厥明，盛陳百味，憲成訝而問之。三才曰：「此偶然耳！昨偶乏，即寥寥，今偶有，故羅列。」憲成以此不疑其綺靡。至是，挾縱橫之術，與言者為難，公論詘之。
　　三十八年（庚戌，一六一０）五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才。不報。前吏部郎中顧憲成遺書葉向高，謂「三才至廉至淡漠，勤學力行，為古醇儒，當行勘以服諸臣心」。時給事中金士衡、段然力保三才，給事中劉時俊、兵部郎中錢宷爭之，紛如聚訟。
　　三十九年（辛亥，一六一一）二月戊子，總督漕運李三才免。
　　三月，吏部尚書孫丕揚糾御史金明時倡言要挾逃察，命下都察院議處。初，明時巡闕，劾寶坻知縣王淑汴，吏部右侍郎王圖子也。及臨京察，知不免，遂先發攻王圖。御史史記事論之，明時奏辨。主事秦聚奎言：「明時論王圖，在去年十二月。丕揚論明時，在今考察先一日。而卒之明時撓察之疏，杳乎無聞。大臣結黨欺君，天下大勢，趨附秦人，今之丕揚，非復昔之丕揚矣。」於是吏科都給事中曹於汴，御史湯兆京、喬允升，俱以撓察論聚奎、丕揚，奏參聚奎，並以湯賓尹等七人訪單送內閣。閣臣葉向高疏如丕揚指。金明時以不謹免，尋以辨疏犯御諱削籍。
　　四月庚辰，計疏下，命秦聚奎閒住。南京國子監祭酒湯賓尹，郎中張嘉言，主事徐大化，御史劉國縉、王紹徽、喬應甲、岳和聲，降調有差。
　　五月，給事中朱一桂、御史徐兆魁疏稱：「顧憲成講學東林，遙執朝政，結淮撫李三才，傾動一時。孫丕揚、湯兆京、丁元薦角勝附和，京察盡歸黨人。」不報。翰林院修撰韓敬疾去。敬先師事湯賓尹，在禮闈，越房拔為第一。敬有時名，而好縱橫之學，恣色貨之好。時攻賓尹，因及敬。
　　四十年（壬子，一六一二）二月癸未，吏部尚書孫丕揚掛冠出都。
　　四十一年（癸丑，一六一三）二月辛丑，御史劉廷元劾光祿寺少卿於玉立：「依附東林，風波翻覆，宜顯斥」。不報。
　　十月，禮科給事中亓詩教言：「今日之爭，始於門戶。門戶始於東林，東林倡於顧憲成，刑部郎中於玉立附焉。憲成自賢，玉立自奸，賢奸各還其人。而奔競招搖，羽翼置之言路，爪牙列在諸曹，關通大內，操縱朝權。顧憲成而在，寧願見之哉？」末刺及葉向高，向高奏辨。
　　四十二年（甲寅，一六一四）八月癸卯，大學士葉向高致仕。
　　十一月，御史劉廷元參李三才占廠、盜皇木，結交內侍起官。御史劉光復、給事中官應震等交章論之。命給事中吳亮嗣往勘，亮嗣報其實，下三才舍人於理，三才尋削籍。
　　四十五年（丁巳，一六一七）三月，京察，革刑部主事王之宷職為民，竇子偁、陸大受皆被斥。時葉向高既去，方從哲獨相，庸庸無所短長。吏部尚書鄭繼之主察，徐紹吉、韓濬佐之。之宷初爭挺擊，為韓濬所糾，部處坐以貪污，子偁、大受有清操，持論與之宷合，亦被逐。時上於奏疏，俱留中，無所處分，惟言路一糾，其人自罷去，不待旨也。於是臺、省之勢積重不返，有齊、楚、浙三方鼎峙之名，齊為亓詩教、韓濬、周永春，楚為官應震、吳亮嗣，浙為劉廷元、姚宗文，勢張甚，湯賓尹輩陰為之主。賓尹負才名而淫污，辛亥京察被斥。至是，察典竣，韓濬以問鄉人給事中張華東。華東曰：「王之宷論甚正，何為重處之？」濬驚愕不語。
　　四十六年（戊午，一六一八）十二月，主事鄒之麟奪職閒住。之麟負才名，附給事中亓詩教、韓濬求轉吏部不得，遂訐奏詩教、濬。又擅離任，被斥。