八月，王錫爵以星變言：「天以皇上為子，皇上以太子為子，天子之象帝星，太子之象前星，方今禳彗，第一議莫如冊立。」上慰答之。
　　十一月，上御暖閣，召輔臣王錫爵。錫爵叩頭力請建儲。上允明年出閣聽講。尋又傳諭皇長子、皇三子齡歲相等，欲一並行出閣禮。錫爵復奏：「皇上有子而均愛之，均教之，固慈父一體之念。然自外廷而觀，皇長子明年十三歲，皇三子明年九歲，大抵皇子生十歲而入學，以皇長子之太遲，形皇三子之太早，先後緩急之間，一不慎而聖心又晦矣。」
　　十二月，輔臣王錫爵等請皇長子先行冠禮，上報云：「東宮與王袞冕皮弁二服，冠則皆同，其服則異，今冠禮將何從，宜暫著常服出講。」
　　二十二年（甲午，一五九四）二月，皇長子出閣講學，禮部侍郎馮琦進儀注，上以未冊立，免侍衛儀仗。
　　二十六年（戊戌，一五九八）五月，吏科給事戴士衡、全椒知縣樊玉衡削籍謫戍。先是，庚寅山西按察使呂坤輯《閨范圖志》，鄭國泰重刻之，增刊后妃，首漢明德皇后，終鄭貴妃。科臣戴士衡指其書上言，謂呂坤逢迎掖庭，菀枯之形已分，語侵貴妃。樊玉衡前疏皇長子冊立中，亦有「皇上不慈，皇長子不孝，皇貴妃不智」等語。貴妃聞之，泣訴於上。會有援引歷代嫡庶廢立之事，著為一書，內刺張養蒙、劉道亨、魏允貞、鄭承恩、鄧光祚、洪其道、程紹、白所知、薛亨、呂坤等，名曰《憂危竑議》者，戚黨疑其書出士衡手，張位教之。鄭承恩遂上疏力辯，並奏士衡假造偽書，中傷善類，日為二衡，以激聖怒，欲並殺張位。上怒甚，二臣謫戍。
　　六月，御史趙之翰以《憂危竑議》為戴士衡偽造，主於張位，預謀者徐作、劉楚先、劉應秋、楊廷蘭、萬建昆也。中旨禮部右侍郎劉楚先、都察院右都御史徐作罷，國子祭酒劉應秋降調，吏科左給事楊廷蘭、禮部主事萬建昆俱謫典史，張位先以密薦楊鎬東征失利，罷去，命值赦不宥。
　　二十八年（庚子，一六００）春正月，禮部尚書餘繼登請先皇長子冊立，而後冠禮可致祝，婚禮可致醮。大學士沈一貫請皇長子冠婚。不報。
　　三月，南京禮部侍郎葉向高等乞行皇長子三禮。不報。己巳，移皇長子慈慶宮，再諭內閣，冊立有期，群臣不得瀆擾。
　　夏四月，刑部主事謝廷讚請冊立，謫貴州布政司照磨。
　　戊寅，沈一貫密揭請撰敕。上報曰：「謝廷讚狂妄，少待之，俾天下臣民曉然知出自朕心。」
　　秋七月癸卯，諭：「皇長子清弱，大禮稍俟之，百官毋沽名煩聒。」
　　冬十月乙酉，諭內閣來春冊儲。
　　庚子，工科都給事王德完言：「臣入京數月，道路相傳，中宮役使止數人，憂鬱致疾，阽危不保，臣竊謂不然。第臣得風聞言事，若如所傳，則宗社隱憂。臣羨袁盎卻坐之事，祁皇上眷顧中宮，止輦虛受，臣死且不朽。」上震怒，下錦衣衛獄，訊其由。吏部尚書李戴、御史周盤等論救，俱切責之。
　　十一月，戚臣鄭國泰疏請皇子先冠婚，後冊立。科臣王士昌糾之。署禮部朱國祚以國泰顛倒其詞，與明旨有背，恐釀無窮之禍。不報。皇長子出閣講學，時嚴寒，皇長子噤甚，講官郭正域大言：「天寒如此，殿下當珍重。」喝班役取火禦寒。時中官圍爐密室，聞正域言，出之。上聞亦不罪。
　　二十九年（辛丑，一六０一）五月丙午，戚臣鄭國泰請冊儲冠婚，奪俸。戊申，禮科右給事楊天民、王士昌等請立儲，俱謫貴州典史。御史周盤等疏救，奪俸。
　　八月甲午，沈一貫上言：「《詩既醉》之篇，臣祝其君曰：『君子萬年，介爾景福。』繼曰：『君子萬年，永錫祚胤。』則願其子孫之多。又曰：『釐爾女士，從以孫子。』願酬淑媛而生賢子孫也。《斯乾》之篇曰：『築室百堵，西南其戶，爰居爰處，爰笑爰語。』美新宮也。繼曰：『吉夢維何？維熊維熊，男子之祥。』言吉祥善事，當生聖子神孫無窮也。今稱觴、萬壽兩宮落成，在廷同祝，而啟天之祥，實自聖心始。皇上大婚及時，故得聖子早。今皇長子大禮必備其儀，推念真情，不如早諧伉儷之為適。皇上孝奉聖母，朝夕起居，不如早遂含飴弄曾孫之為樂。乞今年先皇長子大禮，明春後遞舉諸皇子禮。子復生子，孫復生孫，坐見本支之盛，享令名集完福矣。」上心動，諭俟即日行之。
　　冬十月乙亥，上以典禮未備，欲改期冊立。沈一貫封還聖諭，力言不可。
　　十五日己卯，冊立皇長子為皇太子，暨冊封福王、瑞王、惠王、桂王，詔告天下，上特諭在籍輔臣申時行、王錫爵知之。
　　壬辰，皇太子加冠，福、瑞諸王俱冠。
　　三十年（壬寅，一六０二）春正月丁巳，增東宮官屬。己未，福王暫講武英殿西廡。
　　二月丙子，冊皇太子妃郭氏，上引疾免賀。
　　三十一年（癸卯，一六０三）十一月丁卯，有蜚語曰《續憂危竑議》，凡三百餘言，謂：「東宮不得已立之，而從官不備，寓後日改易之意。其特用朱賡。賡者，更也。內外官附賡者，文則戎政尚書王世揚，巡撫孫瑋，總督李汶，御史張養志；武則錦衣都督王之禎，都督僉事陳汝忠，錦衣千戶王名世、王承恩，錦衣指揮僉事鄭國賢。又有陳矩朝夕帝前，以為之主。沈一貫右鄭左王，規福避禍，他日必有靖難勤王之事。吏科都給事中項應祥撰，四川道監察御史喬應甲刊。」其書一夕間自宮門迄於衢巷皆遍，厥明，舉朝失色，莫敢言。大學士朱賡得於私宅，以聞，請緝其人，乞歸，不允。上大怒，令廠、衛搜緝，務得造書主名，責項應祥、喬應甲回奏。沈一貫請嚴跡之，偵校塞路，購賞格五千金，宮指揮僉事。或曰：「妖書似出清流之口，將以傾沈一貫者。」或曰：「此奸人作之，以陷郭正域。」正域時有清流領袖之目，見忌一貫。已，喬應甲、項應祥各回奏，奸書謗人，無自名理。不問。召皇太子慰安之，太子泣，上亦泣。隨令內豎以慰安太子語諭內閣。時一貫方以楚宗事恨郭正域。正域，輔臣沈鯉門生也。鯉素踽踽，尤負望，供「天啟聖聰」牌於閣，入則禮之。時開告密。鯉語人曰：「此事何必張皇也！」一貫大不懌。正域放歸，待凍潞河之楊村，聞問不絕，一貫益側目。
　　十二月壬午，給事錢夢臯直指正域並及沈鯉，御史康丕揚佐之。初，僑醫吳江、沈令譽多貴游，丕揚巡城跡捕之，搜得楚王揭華走氐副封，及刑部主事於玉立所致吏部郎中王士騏書，以玉立起官，士騏與正域左右之。又前漢中府同知荊門胡化、首渠縣訓導阮明卿撰妖書，廉問無據，而明卿為夢臯姻，故夢臯首攻正域。疏中稱：「沈令譽，郭氏之食客，胡化同鄉之年友，當亟訊奸黨，治正域罪。次輔沈鯉屢為奸人緩頰，舉朝曰大變，彼曰小事；舉朝曰當捕，彼曰可容。所上揭有震動人心，虧損聖德等語。回互隱伏，意欲何為？」疏入，中外大駭。於是發卒圍正域舟，捕其僕隸乳媼十三人。巡捕都督陳汝忠又獲正域舍人毛尚文、江夏布衣王忠。巡城御史康丕揚捕僧達觀、琴士鍾澄、百戶劉相等，同沈令譽下詔獄，考訊無所得。邏校且環逼鯉邸，迫脅不堪。皇太子遣閹人語閣臣曰：「先生輩容我，乞全郭侍郎。」會都察院溫純上書訟之，唐文獻、陶望齡先後詣沈一貫為解，陳矩亦力持之，鯉得安。王士騏、於玉立以詞連落職，錦衣都督王之禎、千戶王名世等首錦衣都督周嘉慶下東廠會鞫，闔門慘掠，嘉慶亦不承。吏部尚書李戴為嘉慶外父，拷訊時不忍慘視，起入中堂。上聞而惡之，罷戴歸。命錦衣嚴鞫妖書。沈一貫、朱賡請寬疑獄。沈鯉亦上章引咎，且乞歸，不聽。最後錦衣百戶崔德緝順天黜生皦生光並其子其篇，婦趙氏、陳氏鞫之。生旋光性險賊，善脅人金，坐譴戍大同，赦歸終不悛，猶脅鄭國泰家。方廷訊時，丕揚等皆欲坐郭正域，御史牛應元指天為誓，沈裕厲聲折生光，從重論，恐株連多人，無所歸獄。生光自誣服，歎曰：「朝廷得我結案，如一移口，諸君何處求生活乎？」刑部尚書蕭大亨必欲窮究之。禮部侍郎李廷機、趙世卿告輔臣賡，謂即此可以具獄。賡以語一貫，事得稍解。
　　三十二年（甲辰，一六０四）夏四月乙酉，提督東廠司禮太監陳矩上妖書獄，移皦生光刑部論斬。上欲加等，以謀危社稷律論磔。矩素清直，妖書事保全善類為多。
　　壬寅，皦生光磔於市，妻子戍邊。妖書非生光也，第其人可死，故人不甚憐之。或謂妖書出武英殿中書舍人永嘉趙士禎，後士禎疾篤，自言之，肉碎落如磔。
　　三十九年（辛亥，一六一一）九月己酉，皇貴妃王氏薨。妃雖生皇太子，失寵目眚，比疾篤，太子始知之，亟至，宮門尚閉，抉鑰而入。妃手太子衣而泣曰：「兒長大如此，我死何憾！」太子慟，左右皆泣，莫能仰視，須臾薨。
　　四十年（壬子，一六一二）冬十月，閣臣葉向高請福王之國，報明年春舉行。
　　四十一年（癸丑，一六一三）春正月，禮部請東宮開講，福王就國。不報。
　　四月，兵部尚書王象乾復請之。上曰：「親王之國，祖制在春，今踰期矣，其明年春舉行。」
　　五月辛未，葉向高言：「福王之國，奉旨明春舉行，頃復以莊田四萬頃責撫、按，如田頃足而後行，則之國何日？聖諭明春舉行，亦寧可必哉！福王奏稱祖制，謂祖訓有之乎？會典有之乎？累朝之功令有之乎？王所引祖制，抑何指也？如援景府，則自景府而前，莊田並未出數千頃外，獨景府踰制，皇祖一時失聽，至今追咎，王奈何尤而效之！自古開國承家，必循理安分為可久。鄭莊愛太叔段為請大邑，漢竇後愛梁孝王封以大國，皆及身而敗。臣不勝忠愛之念，不得不明言之。」
　　六月己丑，錦衣衛百戶王曰乾訐奏奸人孔學與皇貴妃宮中內侍姜、龐、劉諸人，請妖人王子詔詛咒皇太子，刊木像聖母、皇上，釘其目，又約趙思聖在東宮侍衛，帶刀行刺，語多涉鄭貴妃、福王。葉向高語通政使，具參疏與曰乾奏同上之。向高密揭曰乾、孔學皆京師無賴，譸張至此，此大類往來妖書；但妖書匿名難詰，今兩造俱在法司，其情立見。皇上第靜俟，勿為所動，動則滋擾。上初覽曰乾疏，震怒。及見揭，意解，遂不問。東宮遣取閣揭，向高曰：「皇上既不問，則殿下亦無庸更覽。」皇太子深然之。尋御史以他事參日乾下之獄。踰年而「挺擊」之獄興。