神宗萬曆四十八年（庚申，一六二０）八月丙午朔，光宗踐阼。先是，七月，光宗遵遺命，封皇貴妃鄭氏為皇后，命禮部查例。鄭貴妃進美女四人。
　　乙卯，上不豫，召醫官陳璽等診視。
　　丁巳，上力疾，御門視事，聖容頓減。
　　己未，內醫崔文升下通利藥，上一晝夜三四十起，支離牀褥間。
　　辛酉，上不視朝。輔臣方從哲等赴宮門候安，有「數夜不得睡，日食粥不滿盂，頭目眩暈，身體罷軟，不能動履」之旨。
　　乙丑，鄭養性請收還皇貴妃封后成命，允之。刑部主事孫朝肅、徐儀世，御史鄭宗周上書方從哲，責以用藥乖方之故。給事中楊漣上言：「賊臣崔文升不知醫，不宜以宗社神人托重之身，妄為嘗試。如其知醫，則醫家有餘者泄之不足者補之。皇上哀毀之餘，一日萬機，於法正宜清補，文升反投相伐之劑。然則流言藉藉，所謂興居之無節，侍御之蠱惑，必文升借口以蓋其娛藥之奸，冀掩外庭攻摘也。如文升者，既益聖躬之疾，又損聖明之名，文升之肉其足食乎！臣聞文升調護府第有年，不聞用藥謬誤；皇上一用文升，倒置若此，有心之誤邪？無心之誤邪？有心則齏粉不足償，無心則一誤豈可再誤！皇上奈何置賊臣肘腋間哉！」
　　丁卯，傳錦衣官宣兵科楊漣，並召輔臣方從哲、劉一璟、韓爌，英國公張維賢，尚書周嘉謨、李汝華、孫如游、黃嘉善、黃克纘，都御史張問達，給事中范濟世，御史顧慥等。時廷臣疑上且杖漣，既入，上目視漣久之，各諭以「國家事重，卿等盡心，朕自加意調理」。
　　辛未，再召見群臣於乾清宮。上御東暖閣，倚榻凴幾，皇長子侍立，上命諸臣前，連諭曰：「朕見卿等甚喜。」從哲等請皇長子移宮，上曰：「令他別處去不得。」請慎醫藥，上曰：「十餘日不進矣。」久之，又諭冊封李選侍。諸臣退。
　　二十九日甲戌，上再召諸臣等於乾清宮，仍諭冊立皇貴妃，從哲等以「冊儲原旨期宜改近，蚤竣吉典，以慰聖懷」。上因顧皇太子，諭曰：「卿等輔佐為堯舜。」又語及壽宮，輔臣以皇考山陵對。則自指曰：「是朕壽宮。」諸臣言：「聖壽無疆，何遽及此！」上仍諭要係者再。因問：「有鴻臚寺官進藥何在？」從哲奏：「鴻臚寺丞李可灼，自云仙丹，臣等未敢輕信。」上即命中使宣可灼至，診視，具言病源及治法。上喜，命趨和藥進，上飲湯輒喘，藥進乃受。上喜，稱忠臣者再。諸臣出宮門外竢，少頃，中使傳聖體用藥後，暖潤舒暢，思進飲膳，諸臣歡躍而退，可灼及御醫各官留。時日己午，比未申，可灼出，輔臣迎訊之，可灼具言上恐藥力竭，復進一丸，亟問復何狀？可灼以如前對。五鼓，內宣急召諸臣趨進，而龍馭以卯刻上賓矣。時九月乙亥朔也。中外藉藉，以李可灼誤下劫劑，恐有情弊。而方從哲擬旨賞可灼銀五十兩。御史王安舜首爭之，疏曰：「醫不三世，不服其藥。先帝之脈，雄壯浮大，此三焦火動；面唇赤紫，滿面火升，食粥煩燥，此滿腹火結；宜清不宜助明矣。紅鉛乃婦人經水，陰中之陽，純火之精也。而以投於虛火燥熱之症，幾何不速之逝乎！然醫有不精，猶可借口，臣獨恨其膽之大也。以中外危疑之日，而敢以無方無制之藥，駕言金丹，輕亦當治以庸醫殺人之條。乃蒙殿下頒以賞格，臣謂不過借此一舉，塞外廷之議論也。夫輕用藥之罪固大，而輕薦庸醫之罪亦不小。不知其為謬猶可言也，以其為善而薦之，不可言也。」疏入，乃改票罰俸一年，而議者蠭起矣。
　　御史鄭宗周上言：「往歲張差之變，操椎禁門，幾釀不測之禍。祇以皇祖優容，未盡厥罪，故文升尤而效之。臣請寸斬文升以謝九廟。臣非謂誅一文升，遂足以申國憲而消逆萌，第恐張差之後，因有文升。今文升復置不問，奸人得志，何所憚而不為也！」從哲擬旨下司禮監。於是御史郭如楚、主事呂維祺交章論崔文升、李可灼。
　　壬午，給事中惠世揚劾奏輔臣方從哲，言：「鄭貴妃包藏禍心，先帝隱忍而不敢言。封后之舉，滿朝倡義執爭，從哲兩可其間，是徇平日之交通而忘宗社之隱禍也，無君當誅者一。李選侍原為鄭氏私人，麗色藏劍，且以因緣近幸之故，欺抗先聖母，從哲獨非人臣乎？及受劉遜、李進忠盜藏美味，夜半密約，封妃不得，估居乾清，是視登極為兒戲而天子不如宮嬪也，無君當誅者二。崔文升輕用剝伐之藥，廷臣交章言之，從哲何心，必加曲庇？律之趙盾、許世子，何辭弒君之罪！無君當誅者三。」
　　癸巳，太常寺少卿曹珍請究醫藥奸黨。
　　熹宗天啟元年（辛酉，一六二一）春正月，御史焦源溥請誅崔文升。
　　十月丁卯，御史傅宗龍、馬逢臯、李希孔交章請誅崔文升。
　　二年（壬戌，一六二二）夏四月，光祿少卿高攀龍上言：「崔文升故用泄藥，元氣不可復收，是明以藥弒也。在律故違本方殺平人者死，況至尊乎！陛下不即誅戮，僅止斥逐。今文升復潛住京師，意欲何為？往者張差謀逆，實係鄭國泰主謀。劉保謀逆，實係盧受主謀。受，鄭氏人，不可掩也。文升素為鄭氏腹心，特當時失刑，不及拷訊，其罪豈在張差、劉保下乎！」不聽。
　　禮部尚書孫慎行上言：「皇考賓天，雖係夙疾，實緣醫人進藥不審。邸報有鴻臚寺官李可灼進紅藥兩丸，乃原任大學士方從哲所進。凡進御藥，太醫院宮呈方簡明，恐致失誤。可灼非用藥官也，丸不知何藥物，而乃敢突以進。春秋許世子進藥於父，父卒，世子自傷與弒，不食死。《春秋》尚不少假借，直書許世子弒君。然則從哲宜何如處焉！速劍自裁，以謝皇考，義之上也。闔門席藁，以待司寇，次也。而乃晏然支辨，至滿朝攻可灼，僅稟回籍調理，豈以己實薦灼，恐與同罪。夫已與可灼可愛，而皇考可忍乎？臣謂縱無弒之心，卻有弒之事；欲辭弒之名，難免弒之實。即忠愛深心，欲為君父隱諱，不敢不直書云方從哲連進紅藥兩丸，須臾帝崩，恐百口無能為天下萬世解矣。且從哲所不能解者，非獨此也。先是，則有傳皇貴妃欲立皇后事。夫祖制未有以妃為後者，亦未有帝崩立後者。貴妃寵幸數十年，皇祖英明，不聞有楚歌楚舞唏噓之態，即彌留之際，尚不能因緣僥倖，而突傳此旨，觀禮部疏雲輔臣方從哲傳其言可思。若非禮部執爭，諸科道力責貴戚，上章請免，幾何不誤立皇后，貽社稷憂！此從哲不能為天下萬世解者一也。又有議上尊諡稱恭皇帝，夫宋之恭、端，將亡衰主。晉主降宋，隋主降唐，周主降宋，俱為恭帝。皇祖四十八年，平倭，平播，平寧夏，豈無他懿美可稱？而比降王逋裔。若非言官預糾，便應如議。詛咒君國，等於弁髦，此從哲不能為天下萬世解者二也。又有選侍垂簾聽政事。夫選侍宮中，何知前代有垂簾事？即劉遜、李進忠小豎，何遂膽大揚言，言者以為從哲實教之。從哲即未肯承，然以顧命元臣，曾不聞慷慨一言，任婦寺之縱橫，忍冲主之杌隉，此從哲不能為天下萬世解者三也。以此三事，例彼進藥，相臣所宜急擔當之事，一切苟且泄沓；相臣所宜極慎重之事，反覺勇猛直前。春秋無將，漢法不道，真無以過。伏乞皇上大奮乾綱，赫然震怒，毋訪近習，近習其攀援也；毋畏忌諱，忌諱其佈置也。如臣言有當，乞將從哲大正肆放之罰，速嚴兩觀之誅。並將李可灼嚴加拷問，置之極刑。如臣言無當，即以重典治臣，亦所甘受矣。」奉旨會議具奏。
　　左都御史鄒元標上言：「臣聞乾坤所以不毀者，恃此綱常；而綱常所以植立者，恃此信史。臣舟過南中，諸士縉爭言先帝卒然而崩，大事未明，難以傳信。臣謂先帝無妄之藥，跡或有之，而以誅心之法例之，臣未忍聞。既入都門，聞諸臣曰：『說到先帝大事，令人閣筆。說到壬辰以後諸相事，令人閣筆。誰敢領此？』臣益復致疑。近讀孫慎行一疏，令人神骨為悚，即未必有是心，當時依違其間，不申討賊之義，反行賞奸之典，無以解人之疑。方從哲秉政七年，未聞輔相何道，但聞一日馬上三書催戰，將祖宗櫛風沐雨一片東方，盡致淪沒。試問誰秉國鈞，而使先帝震驚？使張差闖宮？使豺狼當道？使宵人亂政？使潛鱗駭浪？將何辭以對！從哲近在肘腋，群陰密布，臣投林一世，恥言人過，豈敢過求從哲。惟是臣身為風憲之官，名在會議之列，畏禍緘口，勢所不能。君臣大義，今日不明，再無有明之日，臣官不言，再無有言之人。臣亦知陛下隆禮舊輔，未必能毅然立斷。諸輔同籍同官，未必能捐情立剖。《易》曰：『益之用凶事。』凶事正所以益之也。臣讀學士公鼐疏曰：『六七年間，以言及東宮者為小人，不言東宮者為君子，此何等景象，是誰使之？』又云：『盡除天下之清流，陰剪元良之羽翼。』此真實錄，真史筆也。從來亂臣賊子，有所懲戒者，全在青史。臣不知忌諱，為先帝計，為陛下萬壽無疆計，為天下萬世君臣計，為寒將來奸臣賊子之膽，殺將來奸臣賊子之謀計。」疏入。
　　方從哲上疏辨，自請削奪，投諸四裔，以禦魑魅。時九卿科道會奏久延，給事魏大中速之曰：「禮臣孫慎行痛先帝崩殂，討舊輔方從哲以《春秋》之法，皇上命諸臣據實回報，何以迄今未奏也？蓋先帝之棄群臣，在庚申九月之朔日，而率土忠義之驚心者，已在乙卯五月之四日。自前日之挺不中，而圖所以中者百端。至藏酖毒於女謁，俟元精耗損，憊不可支，而蕩以暴下之劑，爍以純火之鉛，先帝彌留而不起矣。然則張差、崔文升諸人，先帝之賊也。自乙卯以迄庚申，其時執政者誰？討賊者誰？何以迄今未奏也？且非獨不討而已，酬可灼以賞賜，獎可灼以忠愛，寬可灼以罰俸，優可灼以養病。而崔文升者，代為委之於先帝之宿疾，至一至再。夫以數十年忠肝義膽所羽翼之賢良，數十日深山窮徼所謳吟之堯舜，一旦戕於二賊之手，從哲不能討，反從而護之，從哲真無人心者，何以迄今未奏也？《春秋》之法誅意，闌入慈慶，非張差之意，固鄭國泰之意也。投劑益疾，非崔文升之意，固鄭養性之意也。而執政者何以不問也？《春秋》之法，誅賊必誅夫賊之所恃。今造意者何所恃？黨賊者何所恃？恃從哲也。不必紅鉛之進出從哲之意，而從哲已為罪之魁也。何以迄今未奏也？李可灼之藥，不合之崔文升不備；崔文升之逆，不溯之張差不明；鄭國泰、鄭養性、方從哲之罪，不參之三案不定不悉。崔文升之情罪不下張差，而李可灼次之。如是而朝廷所以處從哲，與從哲之所以自處者，可以權衡其間矣。何以迄今未奏也？」時先後彈者：主事王之宷、劉宗周，給事中周希令、彭汝南、傅櫆，御史吳甡、薛文周、沈應時、方有度、安伸、溫臯謨、江日采、張慎言。會議駁正者：尚書王紀、汪應蛟、王永光，侍郎楊東明、陳大道、李宗延、張經世、陳邦瞻，太僕卿蕭近高、張五典，少卿申用懋、於倫、李之藻、歸子顧、劉策、孫居相、周起元、田生金、柯（上曰下永）、滿朝薦、熊明遇、黃龍光，太常少卿高攀龍，給事中劉弘化、霍守典，御史蔣允儀、劉徽、李玄等。於是吏部尚書張問達會戶部尚書汪應蛟等公奏，略曰：「禮臣孫慎行首論李可灼進紅丸事。可灼先見內閣，臣等初未知，至奉皇考宣召於乾清宮，輔臣與臣等乃共言可灼進藥，多言不可進，或言可進，俱慎重未敢決。又宣臣等進宮內，跪御榻前，諭臣等輔皇上為堯舜，隨問寺官李可灼何在？可灼至，視疾進紅丸，少頃又進一丸。至申，聞聖體服藥後微汗，身覺溫熱，就寢。此進藥之始末，臣等所共見聞者。是時輔臣視皇考之疾，急迫倉皇，淒然共切，『弒逆』二字，何忍輕言！但以我皇上之身，可灼輕進嘗試，從哲未能力止，九卿與輔臣並候於宮門內，亦未能力止，諸臣均有罪焉！至於可灼之處分，中外共痛之憾之。乃臺臣王安舜上疏力爭，先票罰俸，繼票養病去，則失之輕。失之輕，故即按其輕而罪其不盡法處也。不重處可灼，何以慰皇考、服中外而正大法！輔臣於辨疏後，自請削奪，以釋中外之疑。臣等謂應如輔臣之請，為法任咎，是亦大臣引罪之道所宜爾。至於選侍欲垂簾聽政，吏部九卿公疏請移宮，科道專疏請移宮，皇上允其奏，諸臣共快之，然其心猶以輔臣之奏不毅然為諸臣倡也。倘其時非諸臣共扶大義，乾清何地，令其竊靈威福，又將如我皇上登極還宮何哉！夫李可灼非醫官也，非知脈知醫者也。一旦以紅丸進，希圖非望之福。而龍馭上升，攀號無及，可灼罪勝誅乎！應即敕行法司究問，以正刑章。崔文升當皇考哀感傷寒之時，進大黃涼藥。可灼輕進紅丸，不加詳察，罪又在可灼上矣。法應逮文升於法司，從重究擬。以三尺除二惡，肅綱紀而泄公憤，庶中外之心可以釋，輔臣之心可以明。」議上，李可灼法司究問，崔文升仍發遣南京。是時與從哲合者，刑部尚書黃克纘，詹事公鼐，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶百。
　　十月，李可灼遣戍。
　　五年（乙丑，一六二五）四月，免李可灼戍。
　　十一月，尚寶司少卿劉志選劾原任禮部尚書孫慎行倡不嘗藥之說，妄疑先帝不得正其終，更附不討賊之論，輕詆皇上不得正其始。並侵及葉向高、張問達。命宣付史館。
　　愍帝崇禎元年三月，太監崔文升下獄，戌南京。初，魏宗賢擅權，復以文升督漕運，至是敗。
　　谷應泰曰：
　　光宗方諒闇鞫凶，哀勞毀瘁，而宮中巧相蠱惑，更進女尤，於是罷免常朝，軟腳致疾。一月之內，玉几再憑，梓宮兩哭。嗚呼！斯亦皇家之不幸也。考其時，提督御藥房橫加攻泄者，內侍崔文升也。泊乎疾漸彌留，氣息才屬，而玉碗初調，金甌不御者，李可灼也。然而光宗之疾，無文升或猶可以幸生，而卻可灼亦難免於必死者，蓋文升之調護在初，而可灼之援救已劇也。善乎吳甡之言曰：「文升故投泄藥，可灼誤進紅丸。故以藥之補泄相較，則大黃之克過於紅鉛；而以事之早晚相衡，則文升之辜浮於可灼。」此時為政府者，宜援憲宗柳泌之事，純皇李孜省之獄，論坐文升，薄譴可灼，伸嗣主之叫號，慰域中之哀痛，則其法平矣。而奈何文升保全，可灼蒙賚，掩罪為功，一至此乎？夫庸醫殺人，律應永錮，拙工誤治，俗奮老拳。何嘗疑其別有主使，內叢酖毒，而情有所激，法不得貸。獨奈何宮車晚出，銀幣蚤膺，崇德報功，義於胡有。執筆者不學無術，甚愚鮮量矣。宜諸臣之起而攻之也。夫諸臣以攀髯之忠，矢批鱗之奏，《小雅》傷時，幾於誹怨，嬰兒哭母，失其常聲，過於騷激，無足怪者。至若以文升、可灼之不慎，而即比之王莽之椒酒，梁冀之煮餅，則深文周內，不無傷於好盡矣。語云吾黨兩分其過可也。
　　光宗泰昌元年（庚申，一六二０）八月乙卯，上不豫，傳諭禮部曰：「選侍李氏侍朕勤勞，皇長子生母薨逝後，奉先帝旨，委托撫育，視如親子，厥功懋焉。其封為皇貴妃。」欽天監擇九月初六日行。
　　乙丑，主事孫朝肅、徐世儀，御史鄭宗周上書輔臣方從哲請冊立皇太子，且移居慈慶宮。
　　庚午，上召閣部九卿至榻前，諭曰：「選侍數產不育，止存一女。」隨傳皇長子出見。上又言：「皇五子亦無母，亦是選侍撫育。」傳皇五子出見。
　　辛未，上召諸臣於乾清宮，又諭速封選侍。禮臣孫如游奏：「臣部前奉聖諭上孝端顯皇后、孝靖皇太后尊諡，加封郭元妃、王才人為皇后，皆未告竣，宜俟四大禮舉行之後。若論皇儲保護功，則選侍之封惟恐不早，即從該監之請，未為不可。」上命如前期。
　　甲戌，上再召諸臣於乾清宮，仍諭封皇貴妃。語未既，選侍披幃立，呼皇長子入，咄咄語，復趨之出。皇長子向上曰：「要封皇后。」上不語。
　　九月乙亥朔，上崩。給事中楊漣語周嘉謨、李汝華曰：「宗社事大，李選侍非可托少主者，急宜請見嗣主，呼萬歲以定危疑，隨擁出宮，移住慈慶為是。」二臣然之，以語方從哲。漣遂先諸臣排闥入，閽豎挺亂下。漣厲聲曰：「皇帝召我等至此，今晏駕，嗣主幼小，汝等阻門不容入臨，意欲何為？」閽者卻，諸臣乃入。哭臨畢，請見皇長子，皇長子為選侍阻於暖閣，不得出。青宮舊侍王安紿選侍抱持以出，諸臣即叩頭呼萬歲。皇長子曰：「不敢當！」群臣共請詣文華殿，王安擁之行，閣臣劉一燝掖左，勛臣張維賢掖右。內侍李進忠傳選侍命，召還皇長子者三，喝諸臣曰：「汝輩挾之何往？」漣叱之，共擁皇長子登輿。至文華殿，皇長子西向坐，群臣禮見畢，請即日登極，不允，諭初六日即位。復擁入慈慶宮。一燝奏曰：「今乾清宮未淨，殿下請暫居此。」嘉謨曰：「今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可輕易。即詣乾清宮哭臨，須臣等到乃發。」皇長子首肯。漣語中官曰：「外事緩急在諸大臣，調護聖躬在諸內臣，責有所歸。」王安等踴躍稱諾，諸臣退。諸臣有議即日正位者，令中官再傳不允，眾皆朝服待命。少卿徐養量、御史左光斗唾漣不宜阻今日即位。漣恐，語錦衣帥駱思恭嚴緹騎內外防護。
　　丙子，尚書周嘉謨等合疏請選侍移宮。左光斗上言：「內廷之有乾清宮，猶外廷之有皇極殿也。惟皇上御天居之，惟皇后配天得共居之，其餘嬪妃雖以次進御，遇有大故，即當移置別殿；非但避嫌，亦以別尊卑也。今大行皇帝賓天，選侍既非嫡母，又非生母，儼然居正宮，而殿下乃居慈慶，不得守几筵，行大禮，名分倒置，臣竊惑之。且殿下春秋十六齡矣。內輔以忠直老成，外輔以公孤卿貳，何慮乏人，尚須乳哺而襁負之哉？即貴妃之請，許於先皇彌留之際，其意可知。且行於先皇，則俯錫之名猶可；行於殿下，則尊聞之稱有斷斷不可者。倘及今不早斷，借撫養之名行專制之實，武後之禍將見於今。」上諭：「移宮已有旨，冊封事既雲尊卑難稱，著禮部再議。」給事中暴謙貞抄參曰：「大寶將登，上有百靈呵護，下有群工擁戴，亦何用此婦人女子為！且聞選侍非忠誠愛國者，萬一封典得行，事權或假，則滋蔓難圖。慎終慮始，事屬可已。」抄出寢之。