吴汉等将领听说来歙占据略阳，争着率军驱驰前往。刘秀认为，隗嚣失去所依据的险阻，丢掉了重要的城市，势必出动所有的精锐部队前来进攻，等到旷日持久，敌军包围城市而不能攻占城市，士兵困顿疲惫的时候，东汉军队才可以乘敌人之危挺进。于是，把吴汉等全都追回。隗嚣果然派王元在陇坻抵御，派行巡把守番须口，派王孟堵住鸡头道，派牛邯在瓦亭驻屯。隗嚣亲自率领大军数万人包围略阳。公孙述派遣将领李育、田协助作战。他们挖山筑堤，企图放水灌城。来歙和将士们誓死坚守，箭射完了，就拆掉房屋把木头断开作为兵器。隗嚣用全部精锐部队攻城，几个月都不能攻下。

　　夏，闰四月，帝自将征隗嚣，光禄勋汝南郭宪谏曰：“东方初定，车驾未可远征。”乃当车拔佩刀以断车。帝不从，西至漆。诸将多以王师之重，不宜远入险阻，计冗犹豫未决；帝召马援问之。援因说隗嚣将帅有土崩之势，兵进有必破之状；又于帝前聚米为山谷，指画形势，开示众军所从道径，往来分析，昭然可晓。帝曰：“虏在吾目中矣！”明旦，遂进军，至高平第一。

　　夏季，闰四月，刘秀亲自率军征伐隗嚣。光禄勋汝南人郭宪劝阻说：“东方刚刚平定，陛下不能远征。”于是挡住车，拔出佩刀，砍断引车前行的皮带。刘秀不听，西行至漆县。将领们多数都认为，皇上率领的军队重要，不宜远行深入到险恶、阻塞的地方。刘秀拿不定主意，召见马援询问意见。马援于是说，隗嚣的将领们已有土崩瓦解之势，如果进军，就会有必破之状。他又在刘秀面前，用米聚成山谷，指出敌我双方的形势，展示大军进攻的路线，来回分析，十分清晰明白。刘秀说：“敌人的情况都在我的眼里了！”第二天一早，大军出发，抵达高平县第一城。

　　窦融率五郡太守及羌虏小月氏等步骑数万，辎重五千余两，与大军会。是时军旅草创，诸将朝会礼容多不肃，融先遣从事问会见仪适。帝闻而善之，以宣告百僚，乃置酒高会，待融等以殊礼。

　　窦融率领五郡太守以及羌族、小月氏等步骑兵数万人、辎重车五千余辆，和刘秀的大军会合。当时军队还处于草创时期，将领们朝拜皇帝的礼仪多不整肃。窦融先派从事请示朝见的恰当礼仪。刘秀听后认为很好，宣告百官让他们效法。于是设置盛大的酒宴，用特别的尊贵礼仪招待窦融等。

　　遂共进军，数道上陇。使王遵以书招牛邯，下之，拜邯太中大夫。于是嚣大将十三人、属县十六、众十余万皆降。嚣将妻子奔西城，从杨广，而田、李育保上。略阳围解。帝劳赐来歙，班坐绝席，在诸将之右，赐歙妻缣千匹。

　　于是，联军共同进军，分成几路上陇山。刘秀命王遵写信招降牛邯。牛邯投降，刘秀任命他当太中大夫。于是隗嚣的十三位大将、所属的十六个县、部众十余万人全部归降。隗嚣带着妻子儿女逃往西城，投奔杨广。公孙述的将领田、李育退保上县。略阳县解围。刘秀慰劳、赏赐来歙，把席位单独设

　　在将领们的上首，赐给来歙的妻子一千匹绢帛。

　　进幸上，诏告隗嚣曰：“若束手自诣，父子相见，保无他也。若遂欲为黥布者，亦自任也。”嚣终不降，于是诛其子恂。使吴汉、岑彭围西城，耿、盖延围上。

　　刘秀到达上，下诏给隗嚣说：“你如果放弃武力，自己前来投降，父子能够相见，保证没有其他事故。你如果要做黥布，也随你便。”隗嚣到底不肯投降。于是刘秀诛杀他的儿子隗恂。派吴汉、岑彭包围西城，派耿、盖延包围上。

　　以四县封窦融为安丰侯，弟友为显亲侯，及五郡太守皆封列侯，遣西还所镇。融以久专方面，惧不自安，数上书求代；诏报曰：“吾与将军如左右手耳，数执谦退，何不晓人意！勉循士民，无擅离部曲！”

　　刘秀用四个县的土地封窦融为安丰侯，封窦融的弟弟窦友为显亲侯。五郡太守全封为列侯，命他们回到西方的任所。窦融因长期在一个地方独揽大权，心里畏惧不自安，几次上书请以别人接替。刘秀下诏回答说：“我和将军的关系，就像左右手，你几次谦虚退让，怎么不明了我的心意？你要尽力安抚士人百姓，不要擅自离开自己的部曲。”

　　颍川盗贼群起，寇没属县，河东守兵亦叛，京师骚动。帝闻之曰：“吾悔 不用郭子横之言。”秋，八月，帝自上晨夜东驰，赐岑彭等书曰：“两城若下，便可将兵南击蜀虏。人苦不知足，既平陇，复望蜀，每一发兵，头须为白！”

　　颍川郡盗贼蜂起，攻陷本郡所属县城，河东郡的守军也叛变了，京都洛阳震动。刘秀听到消息说：“我后悔没有听郭宪的话！”秋季，八月 ，刘秀从上县日夜向东奔驰。他写信给岑彭等，说：“如果攻陷两城，就可率领军队向南攻打公孙述。人被不知足所苦，已经平定了陇，又想得到蜀。每一次出兵，头发胡须都因此变白。”

　　九月，乙卯，车驾还宫。帝谓执金吾寇恂曰：“颍川迫近京师，当以时定。惟念独卿能平之耳，从九卿复出以忧国可也！”对曰：“颍川闻陛下有事陇、蜀，故狂狡乘间相诖误耳。如闻乘舆南向，贼必惶怖归死，臣愿执锐前驱。”帝从之。庚申，车驾南征，颍川盗贼悉降。寇恂竟不拜郡，百姓遮道曰：“愿从陛下复借寇君一年。”乃留恂长社，镇抚吏民，受纳余降。

　　九月乙卯（初一），刘秀回到洛阳皇宫。刘秀对执金吾寇恂说：“颍川靠近洛阳，应当及时平定。我想到只有你能扫平盗贼。请你以九卿的身分，再次出征为国解忧！”寇恂回答说：“颍川盗贼听说陛下远征陇、蜀，所以那些狂徒、狡诈之辈想乘机作乱。如果他们听说陛下南行，一定吓得要死，我愿手持兵器充当前锋。”刘秀同意。庚申（初六），刘秀南征，颍川盗贼全部投降。寇恂最终没有被任命为郡守。百姓在道路上挡住车驾的去路说：“愿陛下把寇君再借给我们一年。”刘秀于是把寇恂留在长社县，命他镇慑安抚官民，收容投降的残余贼寇。