帝将讨敦，以问光禄勋应詹，詹劝成之，帝意遂决。丁卯，加司徒导大都督、领扬州刺史，以温峤都督东安北部诸军事，与右将军卞敦守石头，应詹为护军将军、都督前锋及朱雀桥南诸军事，郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，庾亮领左卫将军，以吏部尚书卞行中军将军。郗鉴以为军号无益事实，固辞不受；请召临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐同讨敦。诏征峻、遐及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等入卫京师。帝屯于中堂。

　　明帝将要征讨王敦，就此事征询光禄勋应詹的意见，应詹表示赞同，明帝于是坚定了决心。丁卯（二十七日），授予司徒王导大都督、兼领扬州刺史，任命温峤都督东安北部诸军事，和右将军卞敦同守石头；任应詹为护军将军、都督前锋及朱雀桥南诸军事；任郗鉴行卫将军都督扈从御驾诸军事。又让庾亮领左卫将军职，让吏部尚书卞任行中军将军职。郗鉴认为有军制上的名号于实际情况无益，坚持辞谢不受，请求征召临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐共同讨伐王敦。明帝于是下诏征召苏峻、刘遐以及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等入京师护卫。明帝屯军于中堂之地。

　　司徒导闻敦疾笃，帅子弟为敦发哀，众以为敦信死，咸有奋志。于是尚书腾诏下敦府，列敦罪恶曰：“敦辄立兄息以自承代，未有宰相继体而不由王命者也。顽凶相奖，无所顾忌；志骋凶丑，以窥神器。天不长奸，敦以陨毙；凤承凶宄，弥复煽逆。今遣司徒导等虎旅三万，十道并进，平西将军邃等精锐三万，水陆齐势；朕亲统诸军，讨凤之罪。有能杀凤送首，封五千户侯。诸文武为敦所授用者，一无所问，无或猜嫌，以取诛灭。敦之将士，从敦弥年，违离家室，朕甚愍之。其单丁在军，皆遣归家，终身不调；其余皆与假三年；休讫还 台，当与宿卫同例三番。”

　　司徒王导听说王敦重病不治，便带领王氏子弟为王敦发丧，大家以为王敦确实死了，都有奋战的士气。于是尚书传送诏令到王敦的幕府，罗列王敦的罪恶说：“王敦专断地扶立兄长的儿子继承自己，从来没有宰相的继承人却不由君王任命的。这真是凶顽之徒相互奖掖，无所顾忌；志向凶残丑恶，窥视国家政权。幸好上天不让奸恶之人长寿，王敦因而毙命；钱凤既已奉承奸凶之人，又再煽动作乱，现在派遣司徒王导等率领猛虎般的军队三万人，诸路并进；平西将军王邃等率精兵三万，水陆齐发；朕亲自统领各路大军，讨伐钱凤的罪恶。有谁能够杀死钱凤将首级送来，封为五千户候。各文武官员即使是由王敦任用的，朕也一概不加过问，你们不要心存猜忌和隔阂，以至于自取诛灭。王敦的将士们跟随王敦多年，远离家室，朕非常怜悯。凡是独生子从军的，都遣返回家，终身不再征用。其余的人都给假三年。休假期满回到朝廷后，都将与宿卫的士卒一样，按三分之二的比例轮休。”

　　敦见诏，甚怒；而病转笃，不能自将。将举兵伐京师，使记室郭璞筮之，璞曰：“无成。”敦素疑璞助温峤、庾亮，及闻卦凶，乃问璞曰：“卿更筮吾寿几何？”璞曰：“思向卦，明公起事，必祸不久；若住武昌，寿不可测。”敦大怒曰：“卿寿几何？”曰：“命尽今日日中。”敦乃收璞，斩之。

　　王郭见到诏书，十分震怒，但因病情愈加沉重，自己不能任将出战。将要发兵攻打京师以前，让记室郭璞占卦，郭璞说：“事情不会成功。”王敦历来怀疑郭璞在帮助温峤、庾亮，等到听说卦呈凶兆，便问郭璞说：“你再算算我的寿命还有多长？”郭璞说：“由刚才的卦象推算，明公如果起兵，灾祸必定不久将至；如果仍旧住在武昌，享年长不可测。”王敦大怒，说：“你的命多长？”敦璞回答说“今天正午毕命。”王敦于是拘捕郭璞，将他斩首。

　　敦使钱凤及冠军将军邓岳、前将军周抚等帅众向京师。王含谓敦曰：“此乃家事，吾当自行。”于是以含为元帅。凤等问曰：“事克之日，天子云何？”敦曰：“尚未南郊，何得称天子！便尽卿兵势，保护东海王及裴妃而已。”乃上疏以诛奸臣温峤等为名。秋，七月，壬申朔，王含等水陆五万奄至江宁南岸，人情惧。温峤移屯水北，烧朱雀桁以挫其锋，含等不得渡。帝欲亲将兵击之，闻桥已绝，大怒。峤曰：“今宿卫寡弱，征兵未至，若贼豕突，危及社稷，宗庙且恐不保，何爱一桥乎！”

　　王郭让钱凤和冠军将军邓岳、前将军周抚等率领士众向京师进发。王含对王敦说：“这本是我们王家的事，我应当亲自去。”王敦便任命王含为全军的主帅。钱凤等人问道：“事成之日，把天子怎么办？”王敦说：“还没南郊祭天，哪能够称天子！只管出动你们所有的兵力，保护东海王和裴妃而已。”于是以诛杀奸臣温峤等人为由，给明帝上疏。秋季，七月，壬申朔（初一），王含等水军、步卒共五万人涌至江宁秦淮河南岸，京城人心惶惶。温峤移兵驻屯河北岸，烧毁了朱雀桁用以暂挫敌方锋头。王含等人无法渡河。明帝想亲自领兵攻击，听说渡桥已断，勃然大怒。温峤说：“现在宿卫的士卒人数少、体力弱，征召的援军没到，如果让敌寇窜入，将会危及朝廷，那时连祖先的宗庙恐怕都难保，何必吝啬一座桥呢！”

　　司徒导遗含书曰：“近承大将军困笃，或云已有不讳。寻知钱凤大严，欲肆奸逆；谓兄当抑制不逞，还藩武昌，今乃与犬羊俱下。兄之此举，谓可得如大将军昔年之事乎？昔者佞臣乱朝，人怀不宁，如导之徒，心思外济。今则不然。大将军来屯于湖，渐失人心，君子危怖，百姓劳弊。临终之日，委重安期；安期断乳几日？又于时望，便可袭宰相之迹邪？自开辟以来，颇有宰相以孺子为之者乎？诸有耳者，皆知将为禅代，非人臣之事也。先帝中兴，遗爱在民；圣主聪明，德洽朝野。兄乃欲妄萌逆节，凡在人臣，谁不愤叹！导门小大受国厚恩，今日之事，明目张胆，为六军之首，宁为忠臣而死，不为无赖而生矣！”含不答。

　　司徒王导送信给王含说：“近来听说大将军王敦病重垂危，有人说已遇不幸。不久知道钱凤大加戒严，想肆行奸逆不道之事。我认为兄长应当抑制他们，不使其得逞，所以应回军藩守武昌，现在却与愚昧无知之人一同前来。兄长这种举动，是以为能做成如同大将军当年所做的事吗？当初佞臣败坏朝政，人心不平，像我这样的人，也心存外念，现在则不同。大将军自从前来屯军于湖，便逐渐失去民心，正直的君子感到危险和恐惧，百姓劳累疲敝。临终之时，将重任委托给王应，王应断奶才有几天？再说凭他当时名望，就能承袭宰相的职位吗？自从天地开辟以来，可有宰相的职位让孺子小儿担任的？凡是有耳听说此事的人，都知道将要进行的这种禅代，不是为人臣子者所当做的。先帝中兴国家，遗留惠爱在民间；当今圣主耳聪目明，恩德遍于朝野。兄长却想轻妄的启衅作乱，凡据有人臣之位的，谁不为此愤慨！王导一门老小蒙受国家的厚恩大德，今天此事，我明目张胆地出任六军统帅，宁肯身为忠臣战死，也不愿当一个无赖苟活！”王含不答复。

　　或以为“王含、钱凤众力百倍，苑城小而不固，宜及军势未成，大驾自出拒战。”郗鉴曰：“群逆纵逸，势不可当；可以谋屈，难以力竞。且含等号令不一，抄盗相寻，吏民惩往年暴掠，皆人自为守。乘逆顺之势，何忧不克！且贼无经略远图，惟恃豕突一战；旷日持久，必启义士之心，令智力得展。今以此弱力敌彼强寇，决胜负于一朝，定成败于呼吸，万一蹉跌，虽有申胥之徒，义存投袂，何补于既往哉！”帝乃止。

　　有人认为：“王含、钱凤的军队人数和战斗力都要强出百倍。苑城既小又不坚固，应当乘敌军强势未成之时，皇帝大驾亲自出城抗敌。”郗鉴说：“乱党来势恣纵，势不可当；只能靠计谋取胜，难以力敌。况且王含等人军令不齐，劫掠不断，官吏民众有鉴于往年被凶暴地掠夺资财，人人都自行守备。只要利用顺逆的情势，何愁不能克敌！再说敌寇毫无谋略和长远设想，只靠盲目奔突一战；旷日持久，必定会启导义士的心神，使他们的智慧和力量得以施展。现在如果以这样弱小的力量与强敌抗衡，期望一朝决定胜负，瞬间判别成败，万一有所闪失，即使有申包胥这样的人愿意赴难救援，于既成事实又有什么补益呢！”明帝这才罢休。

　　帝帅诸军出屯南皇堂。癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑等帅甲卒千人渡水，掩其未备。平旦，战于越城，大破之，斩其前锋将何康。秀，匹之弟也。

　　明帝统领各军出城屯驻南皇堂。癸酉（初三）夜间，招募勇士，派将军段秀、中军司马曹浑等率领甲士千人渡秦淮河，攻其不备。清晨，在越城与敌交战，大胜，斩杀其前锋将领何康。段秀即段匹的兄弟。

　　敦闻含败，大怒曰：“我兄，老婢耳；门户衰，世事去矣！”顾谓参军吕宝曰：“我当力行。”因作势而起，困乏，复卧。乃谓其舅少府羊鉴及王应曰：“我死，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬事。”敦寻卒，应秘不发丧，裹尸以席，蜡涂其外，埋于厅事中，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。

　　王郭听说王含战败，勃然大怒说：“我这个兄长只是个老奴婢，门户衰落，大事完了！”回头对参军吕宝说：“我要尽力起行，”随即用力起来，因气力困乏，只好又躺下。于是对自己的舅父、少府羊鉴和王应说：“我死后王应立即即帝位，先设立朝廷百官，然后再安排葬事。”王敦不久即死，王应隐瞒不公布死讯，用席子包裹尸身，外面涂蜡，埋在议事厅中，和诸葛瑶等人日夜纵酒淫乐。