十一月，癸卯（初九），桓温准备从广陵返回姑孰，驻扎在白石。丁未（十三日），抵达建康，含蓄地劝说褚太后，请求废黜废帝司马奕，立丞相会稽王司马昱，同时还草拟了诏令进呈给褚太后。太后正在佛室烧香，内侍报告说：“外边有紧急奏章。”褚太后出来，倚着门看奏章，刚看了几行字就说：“我自己本来就怀疑是这样！”看了一半，就停下来了，向内侍要来笔加上了这样的话：“我不幸遭受了这样的种种忧患，想到死去的和活着的，心如刀绞！”

　　己酉，温集百官于朝堂。废立既旷代所无，莫有识其故典者，百官震栗。温亦色动，不知所为。尚书左仆射王彪之知事不可止，乃谓温曰：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命取《汉书霍光传》，礼度仪制，定于须臾。彪之朝服当阶，神彩毅然，曾无惧容，文武仪准，莫不取定，朝廷以此服之。于是宣太后令，废帝为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王昱统承皇极。百官入太极前殿，温使督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收帝玺绶。帝著白单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门，群臣拜辞，莫不欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。温帅百官具乘舆法驾，迎会稽王于会稽邸。王于朝堂变服，著平巾帻、单衣，东向流涕，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元。温出次中堂，分兵屯卫。温有足疾，诏乘舆入殿。温撰辞，欲陈述废立本意，帝引见，便泣下数十行，温兢惧，竟不能一言而出。

　　己酉（十五日），桓温把百官召集到朝堂。废立皇帝既然是历代所没有过的事情，所以没有人知道过去的典则，百官们都震惊恐惧。桓温也神色紧张，不知该怎么办。尚书左仆射王彪之知道事情不能半途而废，就对桓温说：“您废立皇帝，应当效法前代的成规。”于是就命令取来《汉书·霍光传》，礼节仪制很快就决定了。王彪之身穿朝服面对朝廷，神情沉着，毫无惧色，文武仪规典则，全都由他决定，朝廷百官因此而服了他。于是就宣布太后的诏令，废黜废帝司马奕为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位。百官进入太极前殿，桓温让督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收取了废帝的印玺绶带。司马奕戴着白色便帽，身穿大臣的仅次于朝服的盛装，走下西堂，乘着牛车出了神虎门，群臣叩拜辞别，没有谁不哽咽。侍御史、殿中监带领一百多名卫兵把他护送到东海王的宅第。桓温率领百官准备好皇帝的车乘，到会稽王的官邸去迎接会稽王司马昱。会稽王在朝堂更换了服装，戴着平顶的头巾，穿着单衣，面朝东方流涕，叩拜接受了印玺绶带。这天，会稽王司马昱即皇帝位，改年号为咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。桓温的脚有毛病，简文帝诏令可以让他乘车进入殿堂。桓温事先准备好辞章，想陈述他黜废司马奕的本意，简文帝引见，一见他便流下了眼泪，但桓温战战兢兢，始终没能说出一句话。

　　太宰武陵王，好习武事，为温所忌，欲废之，以事示王彪之。彪之曰：“武陵亲尊，未有显罪，不可以猜嫌之间便相废徙。公建立圣明，当崇奖王室，与伊、周同美；此大事，宜更深详！”温曰：“此已成事，卿勿复言！”乙卯，温表“聚纳轻剽，息综矜忍；袁真叛逆，事相连染。顷日猜惧，将成乱阶。请免官，以王归藩。”从之，并免其世子综、梁王等官。温使魏郡太守毛安之帅所领宿卫殿中。安之，虎生之弟也。

　　太宰武陵王司马，喜好习武练兵，被桓温所忌恨，想废黜他，就把此事告诉了王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室的亲族尊者，没有明显的罪过，不能因为猜忌随便废黜他。您要建立贤明的君主，应当尊崇辅佐王室，与伊尹、周公具有同样的美德。这件大事，应该再仔细考虑！”桓温说：“这已经是我决定了的事情，你不要再说了！”乙卯（二十一日），桓温进上表章：“司马收罗招纳轻浮之士，儿子司马综自负残忍。袁真叛逆，事情与他有牵连。近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的缘由。请求免除司马的官职，让他以王的身份返回藩地。”简文帝同意了。同时还免除了司马的世子司马综、梁王司马等人的官职。桓温让魏郡太守毛安之率领所统领的军队宿卫皇宫。毛安之是毛虎生的弟弟。

　　庚戌，尊褚太后曰崇德太后。

　　庚戌（十六日），尊奉褚太后为崇德太后。

　　初，殷浩卒，大司马温使人赍书吊之。浩子涓不答，亦不诣温，而与武陵王游。广州刺史庾蕴，希之弟也，素与温有隙。温恶殷、庾宗强，欲去之。辛亥，使其弟秘逼新蔡王晃诣西堂叩头自列，称与及子综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庚庚庾等谋反；帝对之流涕，温皆收付廷尉。倩、柔，皆蕴之弟也。癸丑，温杀东海王三子及其母。甲寅，御史中丞谯王恬承温旨，请依律诛武陵王。诏曰：“悲惋惶怛，非所忍闻，况言之哉！其更详议！”恬，之孙也。乙卯，温重表固请诛，词甚酷切。帝乃赐温手诏曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，乃奏废及其三子，家属皆徙新安郡。丙辰，免新蔡王晃为庶人，徙衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔皆族诛，庾蕴饮鸩死。蕴兄东阳太守友子妇，桓豁之女也，故温特赦之。庾希闻难，与弟会稽参军邈及子攸之逃于海陵陂泽中。

　　当初，殷浩去世的时候，大司马桓温派人送信吊唁他。殷浩的儿子殷涓没有答复，也没有到桓温那里去，而是与武陵王司马游玩。广州刺史庚庾蕴，是庾希的弟弟，一直和桓温有隔阂。桓温厌恨殷涓、庾蕴宗族的强大，想要灭掉他们。辛亥（十七日），桓温派他的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂去叩头自述，称与司马及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等阴谋反叛。简文帝面对他流下了眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉。庾倩、庾柔，都是庾蕴的弟弟。癸丑（十九日），桓温杀掉了东海王司马奕的三个儿子和他们的母亲。甲寅（二十日），御史中丞谯王司马恬禀承桓温的旨意，请求依据法律。简文帝下达诏令说：“悲痛惋惜，惊恐不安，不忍心耳闻，何况是诉说呢！再仔细商议吧！”司马恬是司马的孙子。乙卯（二十一日），桓温再次进上表章，坚持请求杀掉司马，言词非常激烈恳切。简文帝于是就亲手写下诏令赐予桓温说：“如果晋王朝的神灵悠长，你就不必请示，尊奉执行以前的诏令；如果晋王朝的大运已去，我就请求避让贤人晋升之路。”桓温看了以后，惊慌失色，汗流满面，于是就奏请黜废司马及他的三个儿子，将其家人全都迁徙到新安郡。丙辰（二十二日），黜免新蔡王司马晃为庶人，将他迁徙到衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全都被满门诛杀，庾蕴服毒而死。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳，是桓豁的女儿，所以桓温特别地赦免了她。庾希听说了这桩灾难，与弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之逃到了海陵的湖泽中。

　　温既诛殷、庾，威势翕赫，侍中谢安见温遥拜。温惊曰：“安石，卿何乃尔？”安曰：“未有君拜于前，臣揖于后。”

　　桓温诛杀了殷、庾等人以后，威势显赫至极，侍中谢安看见桓温，在很远的地方就开始叩拜。桓温吃惊地说：“谢安，你为什么要这样呢？”谢安说：“没有君主叩拜于前，臣下拱手还礼于后的。”

　　戊午，大赦，增文武位二等。

　　戊午（二十四日），东晋实行大赦，为文武官员增加品位二等。

　　己未，温如白石，上书求归姑孰。庚申，诏进温丞相，大司马如故，留京师辅政；温固辞，乃请还镇。辛酉，温自白石还姑孰。

　　己未（二十五日），桓温到白石，上书请求返归姑孰。庚申（二十六日），简文帝下达诏令，进升桓温为丞相，大司马职位则仍旧，留在京师辅佐朝政。桓温固执地辞让，还请求回到镇所。辛酉（二十七日），桓温从白石返回姑孰。

　　秦王坚闻温废立，谓群臣曰：“温前败灞上，后败枋头，不能思愆自贬以谢百姓，方更废君以自说，六十之叟，举动如此，将何以自容于四海乎！谚曰：‘怒其室而作色于父’，其桓温之谓矣。”