桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，玄复帅诸军挟帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又使散骑常侍徐放先行，说刘裕等曰：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”
　　刘裕以诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳；以刘敬宣为江州刺史。
　　柔然可汗社仑从弟悦代大那谋杀社仑，不克，奔魏。
　　燕王熙于友腾苑起逍遥宫，连房数百，凿曲光海，盛夏，士卒不得休息，曷死者大半。
　　西凉世子谭卒。
　　刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉帅众自寻阳西上，五月，癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万人，而玄战士数万，众惮之，欲退还寻阳。道规曰：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”因麾众先进。毅等从之。玄常漾舸于舫侧以备败走，由是众莫有斗心。毅等乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁。郭铨诣毅降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人袭破寻阳城。毅遣建威将军刘怀隶讨平之。怀肃，怀敬之弟也。
　　玄挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂还建康。
　　己卯，玄与帝入江陵。冯该劝使更下战，玄不从，欲奔汉中就桓希，而人情乖沮，号令不行。庚辰，夜中，处分欲发，城内已乱，乃与亲近腹心百馀人乘马出城西走。至城门，左右于暗中斫玄，不中，其徒更相杀害，前后交横。玄仅得至船，左右分散，惟卞范之在侧。
　　辛巳，荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之帅文武为侍卫。
　　玄将之汉中，屯骑校尉毛修之，璩之弟子也，诱玄入蜀，玄从之。宁州刺史毛璠，璩之弟也，卒于官。璩使其兄孙祐之及参军费恬帅数百人，送璠丧归江陵，壬午，遇玄于枚回洲。祐之、恬迎击玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、万盖等以身蔽玄，皆死。益州督护汉嘉冯迁抽刀，前欲击玄，玄拔头上玉导与之，曰：“汝何人，敢杀天子！”迁曰：“我杀天子之贼耳！”遂斩之，又斩桓石康、桓浚、庾责之，执桓昇送江陵，斩于市。乘舆返正于江陵，以毛修之为骁骑将军。甲申，大赦，诸以畏逼从逆者一无所问。戊寅，奉神主于太庙。刘毅等传送玄首，枭于大桁。
　　毅等既战胜，以为大事已定，不急追蹑，又遇风，船未能进，玄死几一旬，诸军犹未至。时桓谦匿于沮中，扬武将军醒振匿于华容浦，玄故将王稚徽戍巴陵，遣人报振云“桓歆已克京邑，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退。”振大喜，聚党得二百人，袭江陵，桓谦亦聚众应之。闰月，己丑，复陷江陵，杀王康产、王腾之。振见帝于行宫，跃马奋戈，直至阶下，问桓昇所在。闻其已死，瞋目谓帝曰：“臣门户何负国家，而屠灭若是！””琅邪王德文下床谓曰：“此岂我兄弟意邪！”振欲杀帝，谦苦禁之，乃下马，敛容致拜而出。壬辰，振为玄举哀，立丧庭，谥曰武悼皇帝。
　　癸巳，谦等帅群臣奉玺绶于帝曰：“主上法尧禅舜，今楚祚不终，百姓之心复归于晋矣。”以琅邪王德文领徐州刺史，振为都督八州诸军事、荆州刺史，谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振心腹也。
　　振少薄行，玄不以子妷齿之。至是，叹曰：“公昔不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定也。今独作此，安归乎？”遂纵意酒色，肆行诛杀。谦劝振引兵下战，己守江陵，振素轻谦，不从其言。
　　刘毅至巴陵，诛王稚徽。何无忌、刘道规进攻桓谦于马头，桓蔚于龙泉，皆破之。蔚，秘之子也。
　　无忌欲乘胜直趣江陵，道规曰：“兵法屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群下皆为竭力；振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”无忌不从。振逆战于灵溪，冯该以兵会之，无忌等大败，死者千馀人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘容以毅节度诸军，免其青州刺史。桓振以桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。
　　柳约之、罗述、甄季之闻桓玄死，自白帝进军，至枝江，闻何无忌等败于灵溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，约之诣桓振伪降，欲谋袭振，事泄，振杀之。约之司马时延祖、涪陵太守文处茂收其馀众，保涪陵。
　　六月，毛璩遣将攻汉中，斩桓希，璩自领梁州。
　　秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
　　燕苻昭仪有疾，龙城人王荣自言能疗之。昭仪卒，燕王熙立荣于公车门，支解而焚之。
　　八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
　　魏置六谒官，准古六卿。
　　九月，刁骋谋反，伏诛，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之，弥日不尽。时州郡饥弊，民赖之以济。
　　乞伏乾归及杨盛战于竹岭，为盛所败。
　　西凉公暠立子歆为世子。
　　魏主珪临昭阳殿改补百官，引朝臣文武，亲加铨择，随才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。其品第一至第四，旧臣有功无爵者追封之，宗室疏远及异姓袭封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀异、武官堪为将帅者，其品亦比第五至第九；百官有阙，则取于其中以补之。其官名多不用汉、魏之旧，仿上古龙官、鸟官，谓诸曹之使为凫鸭，取其飞之迅疾也；谓候官伺察者为白鹭，取其延颈远望也；馀皆类此。
　　卢循寇南海，攻番禺。广州刺史濮阳吴隐之拒守百馀日。冬，十月，壬戌，循夜袭城而陷之，烧府舍、民室俱尽，执吴隐之。循自称平南将军，摄广州事。聚烧骨为共冢，葬于洲上，得髑髅三万馀枚。又使徐道覆攻始兴，执始兴相阮腆之。
　　刘容领青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。桓玄兄子亮自称江州刺史，寇豫章，敬宣击破之。
　　刘毅、何无忌、刘道规复自寻阳西上，至夏口。桓振遣镇东将军冯该守东岸，扬武将军孟山图据鲁山城，辅国将军桓仙客守偃月垒，众合万人，水陆相援。毅攻鲁山城，道规攻偃月垒，无忌遏中流，自辰至午，二城俱溃，生禽山图、仙客，该走石城。
　　辛巳，魏大赦，改元天赐。筑西宫。十一月，魏主珪如西宫，命宗室置宗师，八国置大师、小师，州郡亦各置师，以辨宗党，举才行，如魏、晋中正之职。
　　燕王熙与苻后游畋，北登白鹿山，东逾青岭，南临沧海而还，士卒为虎狼所杀及冻死者五千馀人。
　　十二月，刘毅等进克巴陵。毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕复以毅为兗州刺史。桓振以桓放之为益州刺史，屯西陵；文处茂击破之，放之走还江陵。